微生物農藥是21世紀農藥工業的新產業，代表著植物保護的大方向，其的優勢在于能克服化學農藥對生態環境的污染和減少在農副產品中農藥殘留量，同時在示范推廣微生物農藥應用的過程中，農副產品的品質和價格將大幅度上升，有利地促進農村經濟增長和農民增收，社會效益不可估量。微生物農藥作為無公害農副產品生產的必要生產資料之一，在未來的農作物病蟲害防治方面將有的市場需求，因此，進一步加快微生物農藥的研制、產業化和推廣應用進程，降低農藥在農副產品中的殘留和對農田生態環境的污染，實現農作物重大病蟲害可持續控制，滿足無公害農產品產業化生產對農業科技的重大需求，必將產生的社會、經濟和生態效益。
在當前蔬菜、水果等農作物無公害栽培中，微生物農藥作為無公害農副產品生產的品種越來越受到重視。然而，由于使用不當，結果“事與愿違”。其實微生物農藥的使用有很多技巧：
技巧一：要掌握適宜的溫度。有些農戶在施用微生物活體農藥時，不注意環境因素，不選擇氣溫適宜的條件下施用，在溫度過高、溫度較低的時候施用，甚至在冬天和早春寒冷的天氣條件下施用，結果不能達到預期的防治效果。這是因為，微生物農藥只有在較高的溫度條件下，才能體現較好的生物活性，溫度過高或者過低，效果都不顯著。試驗表明，在25℃～30℃之間，噴施后的微生物活體農藥防治效果要比在10℃～15℃之間的高出1到2倍。
技巧二：要選擇適宜的氣候條件下施用。如晴天上午10點鐘到下午4點鐘前等高溫且天氣干燥的條件下施用，結果也達不到預期的防治效果。這主要是因為環境濕度不夠所致。如白僵菌，作為殺蟲劑，制劑主要含白僵活孢子，施用后通過直接接觸蟲體，或在用物上被害蟲吃入消化道，在適宜的條件下孢子萌發，在蟲體內繁殖，產生白僵菌素等，導致害蟲緩慢死亡。死亡蟲體上的菌絲和分生孢子，通過接觸或借助于氣流又傳播至其它健康蟲體上侵染，從而造成流行，引起大量個體死亡。落入土壤的白僵菌還能在土壤中越冬，第二年再侵染蟲體，繼續起殺蟲作用，后效明顯。因此，微生物農藥選擇陰天、雨后或早晨等濕度大時施用。
技巧三：施用時要避免陽光照射。如果沒有避開高溫，在強太陽光的中午施用，容易引起藥效下降。大多數微生物活體農藥，怕強太陽光照射。太陽光中的紫外線對芽孢有著致命的殺傷作用，而且紫外線的輻射對伴孢晶體還能產生變形降效作用，因此，微生物農藥選擇在上午8點以前、下午5點鐘以后或者陰天使用。
技巧四：切忌在雨天施用。芽孢類微生物農藥怕大暴雨沖刷，因為暴雨會將噴施的菌液沖刷掉。但噴施后﹙5～6小時后﹚遇到小雨，不但不會降低藥效，反而可提高防治效果，因為小雨對芽孢發芽大為有利，害蟲一旦食后會加速其死亡。所以要根據天氣預報確定施用時間，避免在雨天或施用后就遭暴雨沖刷。
技巧五：切忌與化學農藥混用。如塊狀耳霉菌，作為一種殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳霉菌的活孢子作用來實現的。施用后活孢子侵染蚜蟲并致死，可持續傳染，引起群體大量死亡。如果與化學農藥混用，活體被殺致死，自然失去殺蟲作用。
技巧六：切忌與酸性或堿性物質混用。大多數微生物農藥遇酸性或堿性物質，生物活性會不同程度降低，從而降低防治效果。