（1）通過這些有益微生物的生命活動，固定轉化空氣中不能利用的分子態氮為化合態氮，解析土壤中不能利用的化合態磷、鉀為可利用態的磷、鉀，并可解析土壤中的10多種中、微量元素。
（2）通過這些有益微生物的生命活動，分泌生長素、細胞分裂素、赤霉素、吲哚酸等植物激素，促進作物生長，調控作物代謝，按遺傳密碼建造優質產品。
（3）通過有益微生物在根際大量繁殖，產生大量多糖，與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機膠體相結合，形成土壤團粒結構，增進土壤蓄肥、保水能力。
質量好的微生物肥料能促進農作物生長，改良土壤結構，改善作物產品品質和提高作物的防病、抗病能力，從而實現增產增收。