微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有機肥嚴格，要注意使用條件，嚴格按照說明書進行，否則難以獲得良好效果。
1.微生物肥料對土壤條件要求比較嚴格。一般微生物肥料中的微生物在土壤溫度為18℃~25℃時活動較為活躍，15℃以下時活性開始下降，10℃以下時活動能力已很微弱，甚至處于休眠狀態。因此，微生物肥料使用注意土壤溫度，土壤濕度。
2.注意施肥時期。微生物肥料施入土壤后，微生物需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般在15天后可發揮作用。如果作追施，在作物的營養臨界期前施用。施用時間適宜在清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可避免陽光中的紫外線將微生物殺死。避免在高溫、干旱條件下使用。
3.微生物肥料不能長期泡在水中，在水田施用應干濕灌溉，促進微生物活動。以好氧型微生物為主的產品，則盡量不要用在水田。
4.微生物菌劑在施足有機肥基礎上效果佳。如果土壤中的有機質供應充足，菌劑中微生物就會大量繁殖，抑制有害菌。反之，微生物就會因食物缺乏而死亡。因此，作物定植前一定要施足有機肥。
5.微生物肥料可單獨使用，也可與其它肥料混合使用。但微生物肥料應避免與未腐熟的農家肥混用，否則會因農家肥發酵產生的高溫殺死微生物而影響肥效。此外，避免與過酸、過堿的肥料混用。
6.避免與農藥同時使用。化學農藥都會不同程度抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。不要將微生物肥料與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及草木灰混合用。不用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。
7.微生物肥料不宜久放。拆包后要及時施用，注意產品保質期。
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