近年來，微生物產品越來越受青睞，使用量也逐漸增大，但在具體使用過程中，存在許多誤區，使得土壤微生物生存、繁殖受到抑制，甚至被殺滅，這樣的微生物產品使用就毫無意義了。那么，如何正確使用微生物產品，才能有益微生物迅速繁殖、占位，并發揮作用呢？
一是注意殺菌劑的使用時間。菜農長期不合理施肥后，土壤問題日益加重，蔬菜根系病害多發，預防根部病害的次數增多，其中會包含殺菌劑，而這些殺菌劑對有益微生物同樣也會起到殺滅作用。所以，在灌根、沖施殺菌劑后，不能混合或者緊接著使用微生物菌劑，否則一點效果也沒有。當然，使用殺菌劑后，土壤中微生物包括有益的和有害的數量都會急劇減少，那么，在殺菌劑有效期約7天后，再沖施微生物菌劑，有益微生物能迅速占位，并發揮作用。菜農可以根據土壤中微生物菌群的實際情況，合理安排殺菌劑和微生物菌劑的使用時間，確保土壤中有益微生物菌群占主導地位。
二是注意配合使用供給微生物營養的產品。微生物菌劑施入土壤中，在適宜的條件下使用后，需要吸取養分迅速繁殖，而產品自身攜帶養分量有限，若菜農在使用微生物菌劑時，配合使用甲殼素、海藻酸、氨基酸等產品，可以為補充的有益微生物提供養分。當然，若土壤中有機質含量豐富的話，使用微生物菌劑后，也能得到充足的營養供給。
綜上所述，隨水沖施微生物菌劑后，既要微生物活性，又要其食物所需，這樣才能讓有益微生物發揮作用。就目前來看，有益微生物能促進土壤有機質的分解，產生有機酸類物質，如氨基酸和某些微生物，量雖少，但能刺激作物生長，增強根系發育，提高根系吸收能力。根系生存的土壤環境好了，根結線蟲、根部病害等也自然減少了。
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