紅薯病毒病發生的內因是種薯帶有病毒，外因是不良的氣候與栽培條件。因此，防治紅薯花葉病毒病，需從內外兩方面下功夫：
1、更新良種，改用脫毒、抗毒(或耐毒)紅薯優良品種。
2、對脫毒紅薯種單獨育苗、單獨栽插、單獨收獲、單獨貯藏;在紅薯生長期要加強對可傳播紅薯病毒病的蚜蟲、煙粉虱等害蟲的防治，避免脫毒種薯再次感染病毒。
3、未更換良種的農戶，必須選健康種薯育苗;育苗過程中發現花葉苗，及時將整株種薯拔除;栽插時挑選健壯薯苗栽插;插至大田后發現病苗及時拔除。
4、通過精細整地、高壟栽培，增施鉀肥、平衡施肥，澆水抗旱、覆草保墑等農業措施，改進栽培管理技術，增強紅薯抗病能力。