辣椒生長期較長，需肥量較大，一般在苗期的時候可以少量的施肥，可結合葉面追肥，選用適當的含鈣、鎂、鐵、錳、硼等微量元素肥料；在盛花坐果期對氮的需求量較大，此時可適當追施磷酸二銨等。
辣椒定植后，葉片、花器官和果實形狀的變化，都可以反映出植株的養分狀況。養分狀況適宜時葉片寬。，氮素過多養分不平衡則長成狹長、扭曲的船底形葉片；養分狀況適宜時，產生短花柱花；養分缺乏時，產生中花柱花；進一步缺乏會產生花柱花，這種花不能自花授粉，容易落花。養分狀況適宜時，果實生長發育快，形成正常果實；養分缺乏時果實不能正常膨大或者生長發育慢，延遲采收時間。
辣椒定植時，可以采用糞水穩苗的方法來移栽，或者在澆緩苗水的時候，結合追施稀糞水，一般每667平方米澆水量為40-60立方米。當蹲苗結束以后，門椒以上的莖葉已經長出3-5節，果實長至核桃大小時，可結合澆水追施腐熟的人糞尿，每667平方米施用稀糞水的量為2000-2500千克，澆水量為每667平方米50-70立方米。15天后追二次肥料，施用量和澆水量同前。這個時期以后，辣椒植株秧果繁茂，短枝分生很多，進入果實采收期。這時為了防止雨季植株倒伏，可以結合培土，每667平方米追施腐熟有機肥1500-2000千克，或者硫酸銨20-25千克，有利于植株壯秧保果。
培土后要及時澆緩水，促進植株根系恢復正常生長。一般每667平方米澆水量為50-70立方米。進入雨季以后，為了防止雨后脫肥，可追施化肥一次，每667平方米追施硫酸銨20-25千克，以促進植株繼續開花結果。雨季過后，辣椒植株進入復壯期，需及時追肥和澆水，追肥和澆水交替進行。一般追肥2-3次，澆水4-5次，追肥量為每667平方米40-60立方米。天氣涼爽后，可以追施糞水，促進早開花，早坐果，早成熟。開花結果期，也可以進行葉面追肥，噴施0.5%尿素加0.2%-0.3%磷酸二氫鉀溶液，以增加辣椒結果數和提高果實品質。