辣椒生長期對氮和鉀需要量大，需磷較少，生產上要控制好氮、磷、鉀的比例。幼苗到初花期需肥不多，應避免施氮肥過多，防止徒長。盛果期需肥量多，三元素的吸收量分別占各自總吸收量的57%、61%和69%以上，此期應肥料的供應，提高產量，增進品質。
（1）育苗肥：辣椒幼苗生長期長，根系再生能力弱，忌連作，育苗要選擇在2~3年內沒有種過茄果類蔬菜的土地作畦，施入有機肥料應腐熟、搗細、過篩，畝用量5000~8000千克，再每平方米施入氮、磷、鉀復合肥500克和多菌靈10克。幼苗期一般不進行追肥，如果出現缺素癥狀，如幼苗生長慢，莖稈細弱，葉片狹小，可在定植前15~20天內結合澆水沖施少量尿素，促進幼苗生長，用量不能太多，防止幼苗徒長。
（2）基肥：辣椒的基肥應以優質的圈肥為主，一般畝施5000~8000千克，撒勻后耕翻，耙細樓平，作畦或開溝定植。如果肥料量少，也可先整地開溝集中施肥，土肥摻和后栽苗。
（3）追肥：追肥一般需進行2~3次，次在還苗后進行，基肥不足時，可在植株一側開淺溝施優質有機肥1000千克和三元素復合肥20~30千克，然后澆水，中耕蹲苗，使幼苗健壯生長。第二次追肥在盛果期進行，可在門椒采摘前開溝，施入三元復合肥20~30千克，然后中耕培壟，壟高10~15厘米。結果后期，為延遲植株生長，防止早衰，可結合澆水進行第三次追肥，一般畝沖施尿素10千克。
在辣椒開花結果期，噴施0.2%~0.3%的尿素或磷酸三鈉、磷酸二氫鉀、葉面寶、稀土微肥等，可保花促果，提高產量，增進品質。