辣椒各個不同生育期，所吸收的磷、氮、鉀等的數量也是不同的，一般從初花到盛花結果是辣椒營養生長、生殖生長的旺盛時期，也是氮肥和吸收養分多的時期，到盛花至成熟期，辣椒的營養生長就比較弱了，這個時期對磷、鉀的需要量是多；在采摘成熟后，為了及時的促進枝葉生長發育，這時期一般都需要大量的氮肥。
根據辣椒需肥規律和土壤肥力的高低，溫室辣椒施肥訣竅在于重施基肥巧施追肥，具體施肥應把握以下原則：
一、重施有機肥。多施一些腐熟好的有機肥（如雞糞）。老齡大棚，可增施一些酵素菌肥類生物有機肥。土傳病害（特別是死棵病）嚴重的大棚，應增施一些芽孢桿菌類生物有機肥。
二、合理選用化肥。化肥作底肥用時盡量選用單質肥料，如尿素、過磷酸鈣、硫酸鉀。追施復合肥時盡量選用含硝態氮復合肥。在育苗、移栽、定植期施用真根，生根快、毛根多，可縮短辣椒緩苗時間增加幼苗對不良環境的抵抗能力。辣椒連續坐果能力，落花少，產量高，提升品質。
三、合理的分配基肥和追肥的比例。一般情況下，微肥、有機肥、80%的磷肥、30%的氮肥和50%的鉀肥混勻后做基肥，其余20%的磷肥、70%的氮肥和50%的鉀肥都作為追肥來使用。一般對部分微量元素如（硼砂）可葉面噴施。