微生物肥料指的是以微生物的生命活動使得作物能夠有化肥的效應，是農業中肥料的一種，施用方法比化肥、有機肥嚴格，有特定的施用要求。使用時要注意施用條件，選擇適合當地相應作物的微生物肥料，因為微生物肥料中的活菌發揮作用是有條件的，某一種微生物肥料并非適用于所有地區、所有土壤和所有作物。總之要嚴格按照產品說明書使用，否則難以獲得良好的使用效果。施用中應注意以下七點：
一、微生物肥料對土壤條件要求相對比較嚴格，施入到土壤后，需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般15天后可以發揮作用，見到效果，而且可長期均衡地供給作物營養。
二、微生物肥料適宜的施用時間是清晨和傍晚或無雨陰天，可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。
三、微生物肥料應避免在高溫干旱條件下使用。在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發揮其作用。要結合蓋土澆水等措施，避免微生物肥料受陽光直射或因水分不足而難以發揮作用。
四、微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用，但應避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的農家肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時也要注意避免與過酸過堿的肥料混合使用。
五、微生物肥料應避免與農藥同時使用。化學農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物，不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。
六、微生物肥料不宜久放，拆包后要及時施用，因為包裝袋打開后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發生改變，影響使用效果。
七、由于微生物肥料是由活的微生物起作用，所以必須在有效期內使用。
希望廣大農民朋友能夠在高效施用微生物肥料的同時要注意以上事項，嚴格按照以上所說的進行，從而合理的施用微生物肥料，使作物更加健康的成長，終達到增產增收的目的。