隨著我國畜牧業的快速發展，一些潛在的問題也隨即而出畜牧業問題是其一。另一種就是畜牧業造成環境污染的問題，造成這一問題的主要原因之一就是畜禽糞便亂排亂放。解決畜禽糞便造成的環 境的問題現在可以依靠科學技術把畜禽糞便集中處理制成肥料，應用到農業上。
現代農業上對畜禽糞便的處理方法一般為：自然堆積、太陽能大棚發酵法、高溫快速干燥法。
這三種方法各有各的好處自然堆積就是把畜禽糞便直接放到陽光充足的空地上面，使畜禽糞便自然發酵。這種方法的弊端就是發酵時間長，占用的空地面積太大，如果遇到陰雨天氣將會對環境造成非常 大的污染，這種方法只是用以個別地區。太陽能大棚發酵法聽名字我們就可以明白這種方法就是把畜禽糞便放到塑料大棚里面，通過人工調制、以及利用太陽能加快畜禽糞便的發酵。這種方法相對來說 較好，成本低、投資少，污染小，缺點就是其需要的時間相對來說還是太長。高溫快速干燥法是一種通過科學技術實現的一種畜禽糞便處理方法，這種方法的好處就是用時少、干燥快、生產率高、而且 還可以殺死畜禽糞便中的有害菌種。
除此之外我們還可以把畜禽糞便綜合的處理。不僅可以達到畜禽糞便的廢棄物減少和畜禽糞便肥料化還可以使畜禽糞便資源充分的利用。我們綜合處理畜禽糞便方法有好氧堆肥、厭氧發酵與好氧發 酵等。
這些方法可以使畜禽糞便的得到有效的利用，提高了經濟效益，還解決了畜禽糞便帶來的環境污染問題，是一舉多得的好事。