隨著農業現代化和綠色農業的推進，農業污染得到了越來越高的重視，目前我國農業污染量已占到全國總污染量的近二分之一，不用或少用氮肥已是發展有機農業亟待解決的課題。生物技術在有機農產品發展中具有不可替代的作用，要從根本解決用肥引起的農業污染，還是要靠生物肥。
新疆農科院微生物所教授、研究員石玉瑚分析說，目前南疆地區平均每畝氮肥用量達30-40公斤，化肥的利用率卻只有40%左右。不僅增加農業成本，影響農產品質量，而且破壞土壤團粒結構，損害農田生態環境。施用復合微生物肥料不僅可減少20%-60%化肥用量，而且可分解土壤中的磷、鉀供作物利用，使土壤中有益微生物總量增加，有效抑制土壤中病原微生物，控制作物病害，改良土壤，培肥地力，改善農田生態環境。
施用生物肥除了可以減少污染、改善農田生態環境，對有機農產品進行生物技術支撐，為綠色品牌農產品種植基地建設提供科學用肥基礎，對于提高農產品品質、食品、突破國際市場綠色壁壘同樣具有重要意義。
近年來，南疆有機農產品種植和加工業快速發展。目前，特色林果業面積已超過1600萬畝，總產量達到530萬噸，產值達150億元，主產區人均年收入超過900元。紅花、加工番茄等的產量分別占全國總產量的60%和95%以上，大棚設施農業達到60萬畝以上。
隨著農業科技的發展，越來越多的新型高效生物肥推向市場，施用生物肥是發展綠色農業促進農業現代化的有效措施，發展有機特色農業、生態農業，打造品牌，達到高產、優質、高效、可持續發展。