自從微生物肥料問世后，社會上對微生物肥料的看法就一直存在一些誤解和偏見。一種看法認為它肥效很高，把它當成萬能肥料，甚至揚言可以完全取代化肥；另一種看法則認為它根本不是肥料。其實這兩種都是偏見。國內外多年試驗證明，用根瘤菌接種大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，確實有增產效果，合理應用其它菌肥拌種或施用微生物肥料，對非豆科農作物也有增產效果，而且有化肥達不到的效果。因此，我們認為它是肥料，又與傳統化肥和有機肥在概念和內涵上不同。
微生物肥料的種類按目前做生物肥料制品的功能可將微生物肥料主要分為兩大類：
1.通過其中所含微生物的生命活動，增加了植物元素營養的供應，從而改善植物營養狀況而導致增加產量。其代表品種為各種根瘤菌肥料，主要應用于豆科植物，使其能在豆科植物根、莖(葉)上形成根瘤，同化空氣中的氮素來供應給豆科植物主要氮素營養。
2.其制品也是通過其中所含活的微生物生命活動導致作物增產，但關鍵作用不只限于提高植物營養元素的供應水平，還包括它們本身產生的各類植物生長刺激素對植物生長的刺激作用，拮抗某些病原微生物而產生的抑制病害作用，活化被土壤固定的磷、鉀等礦物營養，使之能被植物吸收利用，幫助植物根吸收水分及多種微量元素而導致的增產作用，加速作物秸稈腐熟及促進有機廢物發酵等作用。這些從廣義上都可稱為微生物肥料。
微生物肥料的特點：微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動來完成。只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎。正因為微生物肥料是活制劑，所以其肥效與活菌數量、強度及周圍環境條件密切相關，包括溫度、水分、酸堿度、營養條件及原生活在土壤中土著微生物的排斥作用都有一定影響，因此在應用時要加以注意。