到目前為止，已獲得國家批準登記的微生物肥料只有400多種，實際上生產的廠家已超過2000多家，市場上銷售的微生物肥料良莠不齊，為了維護廣大農民的切身利益，在選購、應用時應注意以下幾個問題：
1、沒有獲得農業部登記證產品不能購買國家規定微生物肥料必須經農業部指定單位檢驗和正規田間試驗，證明其效益、、后由農業部批準登記，而且先發給臨時登記證，經3年實際應用檢驗可靠后再發給正式登記證，正式登記證有效期5年。沒有獲得農業部登記證的微生物肥料，質量有可能有問題，不要購買和使用。
2、有效活菌數達不到標準的微生物肥料不能購買國家規定微生物菌劑有效活菌數 2億/克（顆粒1億/克），復合微生物肥料和生物有機肥有效活菌數 2000萬/克。如果達不到這一標準，說明產品質量達不到要求。
3、存放時間超過有效期的微生物肥料不要使用目前我國微生物肥料有效菌存活時間超過1年的不多，所以選購的微生物肥料要盡快使用，過期的微生物肥料效果肯定不好。
4、存放條件和使用方法須嚴格按規定辦微生物肥料中很多有效活菌不耐高低溫和強光照射，不耐強酸堿，不能與某些化肥和劑混合，在使用微生物肥料時必須按產品說明書進行科學保存和使用。