紫蘇在中國種植約有2000年歷史，明代李時珍曾記載:"紫蘇嫩時有葉，和蔬茹之，或鹽及梅鹵作菹食甚香，夏月作熟湯飲之"，可見紫蘇在中國人的飲食中很常見。但是病蟲害的發生使種植者蒙受經濟損失，由于危害嚴重，使紫蘇品質嚴重降低。及時進行農藥防治十分必要。
1.猝倒病：幼苗發病，莖基部水漬狀，后變為黃褐色，繞莖擴展，并縊縮成線狀而倒伏，此時子葉仍為青綠色。幾天后，以此病苗中心向外擴展，成片倒伏。低溫多雨，播種過密病害發生嚴重。地面濕度大時，病部及周圍表土可見到一層棉絮狀白霉。
防治方法：加強檢查，發現零星病株，立即挖除并撒少量草木灰。發病初期，可選用65％代森錳鋅可濕性粉劑500倍液，50％多菌靈可濕性粉劑500倍液，75％百菌清可濕性粉劑600倍液噴霧防治，7天噴1次，噴藥2～3次，以控制病害蔓延。
2.銹。褐饕：θ~片。葉片初發病時，由下而上在葉背上出現黃白色斑點，后擴大至全株；后期病斑破裂，散發出橙黃色甚至黑色粉末狀物，直至葉片枯黃脫落，提早枯死。
防治方法：播種前，用種子重量0.4％的15％三唑酮拌種。小編建議在發病初期，或選用1：1：200的波爾多液，25％三唑酮可濕性粉劑2000倍液，15％三唑酮可濕性粉劑1000倍液，25％丙環唑可濕性粉劑4000倍液，50％硫磺膠懸劑400～500倍液噴霧防治，7～10天噴1次，連噴2～3次。
3.白粉病：俗稱白毛病，是一種真菌性病害，病菌在田間病殘體上越冬，成為翌年初侵染源。發病適溫為16～24℃。高溫高濕與高溫干旱交替天氣，植株生長勢弱時，發病嚴重。
防治方法：發病初期，可選用25％三唑酮可濕性粉劑2000倍液，15％三唑酮可濕性粉劑1000倍液，40％多硫懸浮劑500倍液，50％甲基硫菌靈膠懸劑500倍液噴霧防治，7～10天噴1次，連噴2次；也可在剛發病時，立即噴灑小蘇打500倍液，每隔3天噴1次，連續4～5次。
4.根腐。簩僬婢『，主要靠雨水、未腐熟的農家肥和農具傳播。在高溫多濕、低洼積水、土質粘重、多年重茬的情況下，發病嚴重。危害根莖，主根受害腐爛，不出側根，植株矮小，嚴重時莖葉枯萎死亡。
防治方法：發病初期，可選用殺菌劑50％甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍液，75％百菌清可濕性粉劑600倍液，75％敵磺鈉可濕性粉劑1000倍液，或40％多硫懸浮劑800倍液噴霧防治。主要噴灑根莖部，7天左右1次，連噴2～3次。
5.斑枯。6月始發，直至收獲均可為害，主要為害葉片，發病初期在葉面出現大小不同、形狀不一的褐色或黑褐色小斑點，往后發展成近圓形或多角形的大病斑，直徑0.2～2.5厘米。病斑在紫色葉面上外觀不明顯，在綠色葉面上較鮮明。病斑干枯后常形成孔洞，嚴重時病斑匯合，葉片脫落。在高溫高濕、陽光不足以及種植過密、通風透光差的條件下，比較容易發病。
防治方法：發病初期，可以使用65％代森鋅可濕性粉劑600～800倍液，1：1：200波爾多液，70％代森錳鋅500倍液，58％甲霜靈錳鋅400倍液。要注意每隔7天一次，連噴2～3次，在收獲前半個月停止噴藥。