土壤有機質既是土壤肥力的重要組成部分，同時也是作物營養的主要來源之一，有機質中含有的豐富的大、中、微量元素，也更容易被作物吸收。保護地蔬菜栽培當中，土壤有機質的主要來源還是依靠有機肥的投入，另外包括一些綠肥等。
有機肥的種類很多，其中菜農使用的有機肥中，糞肥占70%以上，各種類型的商品有機肥占30%.在蔬菜之鄉-山東壽光，菜農使用糞肥的歷史悠久。這是因為糞肥對于土壤有機質的提升有諸多優勢。
糞肥中養分含量全面。在使用的各類糞肥中，禽畜糞便是用量的一類，包括雞鴨糞、鵪鶉糞、豬糞、牛羊糞等等。這些禽畜糞肥中含有較多的大、中、微量元素，能夠提供給蔬菜全面的營養。
糞肥肥效。糞肥中含有的養分多為有機態，需要通過微生物不斷的轉化才能被吸收利用。對于生長期較長的蔬菜種植有較大的優勢。
糞肥有機質含量高，改良土壤效果明顯。糞肥中含量做多的是有機質，施入土壤后能夠被分解成腐殖質，促進團粒結構的大量形成，同時在微生物的繁殖和分解中，能夠產生大量的生長促進物質和氨基酸、活化酶類物質，土壤時刻處在健康狀態。大棚蔬菜之所以能夠連續多年種植，靠的就是每次換茬后及時補充糞肥來緩解土壤的“疲勞”，土壤良好運轉。
可見，使用糞肥對于維護土壤的健康有著良好的效果。但是許多菜農在使用糞肥的時候會出現各種對蔬菜生長不利的情況，如不扎根、燒根、熏苗等等，這都是因為糞肥沒有合理發酵或正確使用而導致的。
使用不同有機肥，不同情況區別對待
由于全國各地的土壤自身狀況不一致，有機肥的來源不同以及菜農使用有機肥的習慣也不一樣，所以會出現很多種不同的情況，而對于這些不同的因素，在使用有機肥時要區別對待。
土質不同，選擇的有機肥類型也不同
有些地區土壤沙性大，漏水漏肥的情況嚴重，因此糞肥應選擇純雞糞或純豬糞，這種糞肥純度較高，養分含量也高，因為糞質比較黏重，對漏肥漏水的沙土地有良好的改良作用。黏性土應施用有機質含量高而礦質元素含量少的糞肥，如稻殼糞、羊糞、牛糞，或者是含有沙子、稻殼、秸稈的雞糞豬糞等，能夠改善黏性土壤的物理性狀，提高其透水透氣能力。這樣的糞肥也非常適合改良土壤鹽漬化板結較為嚴重的棚室土壤。
只要用糞肥，就要要腐熟
完全腐熟的有機肥不產生有害氣體、不燒根、無雜菌、分解快，利于蔬菜根系的吸收。
糞肥的腐熟目前有三種常用的方法：
一是結合高溫悶棚進行糞肥腐熟。夏季棚室休閑期長，可結合高溫悶棚進行糞肥腐熟，腐熟發酵的過程也是改良土壤的過程。在發酵腐熟過程中，土壤中的微生物非常活躍，能夠促進土壤團粒結構的形成。
二是棚外堆漚。有足夠的時間可以自然堆漚發酵，而時間較短時可以在堆悶腐熟時使用生物腐熟劑。
三是使用菌種快速發酵。現在不少菜農喜歡使用肥力高、發糞寶等生物菌劑對糞肥進行發酵，使用方法是將糞肥均勻撒于棚室內，然后一方糞肥使用一到兩瓶發酵腐熟菌劑噴灑，然后翻地后灌水，同樣對于烘干的糞肥也可以使用這樣的辦法。
有機肥增量使用要深翻
許多菜農使用的有機肥量很大，而使用后僅用旋耕機進行翻地，從表面看有機肥被翻入土壤中了，但有機肥還是主要集中在地表10厘米左右的土層中，并沒有翻入深層土壤當中，這就造成了肥料相對集中，由于養分過于集中，對根系生長產生不利影響。所以施用有機肥后應進行深翻，一般來說將有機肥均勻翻入到土壤30厘米左右的耕作層中為適宜。
不同類型的有機肥可配合使用
由于生產有機肥的原料來源廣泛，因而有機肥的類型也多種多樣。根據菜農對糞肥和商品有機肥的使用效果來看，在快速提升土壤有機質方面，商品有機肥要優于糞肥，但糞肥養分含量高而且豐富，因此糞肥的肥效較商品有機肥要。所以從促進土壤有機質提升且兼顧蔬菜產量這方面考慮，菜農可采取糞肥與商品有機肥配合使用的方式。
豐富的有益微生物讓土壤更富“活力”
從某種層面上說，土壤的高肥力代表了土壤的高“活力”，而讓這種“活力”相對的關鍵就在于土壤中有豐富且活躍的有益微生物。對于土壤有益微生物的維護，很多菜農都有了非常深刻的認識。中國菜農群英會成員李坤亮向記者表示，在堅持使用有益微生物長達7年的時間里，蔬菜的管理越來越簡單，出現的不良情況越來越少，這說明土壤越來越“年輕富有活力”.
為什么有益微生物能夠延長土壤的使用壽命，是土壤更富“活力”?這是由它的特點決定的。
首先，有益微生物的活動不但可以改善土壤的理化性狀，提高土壤有機質的含量和轉化效率，而且具有解鉀、釋磷、固氮的功能。施入土壤后，菌體很快增殖，形成群體優勢分解土壤中被固定的且植物不能吸收利用的氮、磷、鉀，并固定空氣中游離的氮，供作物吸收利用。
其次，有益微生物本身、，且能分解土壤中因長期施用化肥、農藥的殘留，溶解污水灌溉后的重金屬殘留，凈化環境。
再次，有益微生物及其代謝產物全部是有效物質。在土壤中的增殖代謝過程中能產生赤霉素及其它活性物質等內源激素，可自身調節生理過程，不會對作物產生副作用。
另外，有益微生物土壤中的增殖及代謝會抑制有害菌的生長，減少作物發病幾率，也就減少了農藥的用量，降低了大量用藥給土壤帶來的污染。
用活有益微生物，土壤肥力會更高
想讓有益微生物達到良好的提高土壤肥力的效果，必須菌體為活體狀態，并且不斷進行繁殖。那么我們在使用有益微生物的時候應該采取哪些方法，或者說是避開哪些不當的技術措施呢？
首先，某些有益微生物怕強光。有益微生物產品無論是存儲還是使用，都不能暴露在強光之下，這是因為陽光中的紫外線對以生物菌產品當中的細菌等有很強的殺滅作用。
其次，有益微生物存活離不開食物和水分。有益微生物的食物當然是土壤有機質。同時有益微生物生存擴展有相當嚴格的土壤干濕度要求，其繁殖尤其是細菌的繁殖離不開水分，所以土壤要保持一定的濕度才能利于生物菌的繁殖擴增，但是要注意土壤不能太濕，如果土壤水分過大就會把其中的氧氣擠掉，也會對生物菌的生長不利。
再次，土壤酸堿度對有益微生物影響也很大。由于對化學肥料的過分依賴，現在不少棚室的土壤的理化性狀都出現了不同程度的惡化，如缺乏有機質、鹽分過高、pH值偏酸或偏堿等等，這些都不利于生物菌的生存和繁殖，如果土壤環境不好，那么使用再好的菌肥也不會產生好的效果。所以要注意調節土壤的理化性狀，把土壤的pH值調整到在6.5-7.5之間，有益微生物的效果才能發揮出效果來。
，要注意控制或減少向土壤中投入較多的殺菌劑。如果在土壤中頻繁使用殺菌劑，勢必會殺滅部分有益微生物，造成肥料效果的降低。
有機肥+有益微生物，共同實現土壤高肥力
如果說單獨依靠有益微生物就能夠達到土壤改良效果、提高土壤肥力的話就錯了，土壤的改良及壽命的延長，不光需要有益微生物，還要給予生物菌生存繁殖所需要的食物。在實際生產中就必須利用有益微生物與其他有機肥料配合使用，從而達到1+1>2的效果。
有益微生物+糞肥，降低劣勢扶優勢
糞肥的劣勢大家都很清楚，在沒有發酵腐熟的情況下，容易產生燒根、熏苗的不良影響，這也是糞肥的劣勢所在。而如果有益微生物配合糞肥使用，利用有益微生物對糞肥的快速分解發酵，可將糞肥的這一劣勢產生的影響降至，從而糞肥的優勢所在。而糞肥當中的高的有機物質和營養成分，會讓有益微生物在段時間內成倍增長，對有益微生物的效果的發揮也起到非常好的正效果。
有益微生物+商品有機肥，快速提升有機質
對于某些已經出現問題的土壤來說，有時僅僅提高土壤有機質這一方面就能夠解決所出現的眾多不良影響。山東省壽光市土壤肥料測試與研究中心對山東省壽光市古城街道壘村部分大棚的土壤進行了檢測，其中有部分新棚室因為有機質不足，結果即使所使用的化學肥料很合理，但也會出現全鹽含量升高的情況。對于此類案例，的方法是在段時間內快速提高有機質。而合適的措施就是優質的商品有機肥+有益微生物。
有益微生物+功能性有機肥，多重優勢同發揮
如今，許多功能性的有機肥產品類型也很多，如甲殼素。甲殼素不僅能夠提高土壤中的自生固氮細菌、纖維分解細菌、乳酸細菌等有益菌的比例，且對于生物菌肥中的放線菌、解磷解鉀菌等有促進生長的作用，而對于常見的霉菌和其它絲狀真菌的有明顯的抑制作用。利用甲殼素的這一優點，菜農在使用有益微生物時不妨與甲殼素肥搭配。