過量施用化肥不僅導致土壤板結、酸化加劇、鹽堿化嚴重，而且導致肥料利用率極低，浪費嚴重，地下水遭受污染，果樹長勢差，農產品品質下降，農民種地效益低。
一、化肥施用過量的三大危害
1、削弱植物生產能力
植物和人一樣，吃得太飽不僅不利于成長，而且會不利于健康。據全國測土配方施肥專家組組長、中國農業大學資源與環境學院院長張福鎖教授介紹，施肥過量對莊稼造成危害的結果主要有兩個：一個是容易倒伏，倒伏一旦出現，就必然導致糧食減產；另一個是容易發生病蟲害，氮肥施用過多，會使植物抗病蟲能力減弱，易遭病蟲侵染。
2、加劇環境污染
據調查，大氣里面隨著降雨、沙塵暴等自然現象降下來的氮素，1公頃可以達到80千克，而高產小麥1公頃才需要160~180千克氮素。也就是說種在土地中的小麥僅從大氣中就獲得近一半的養分。植物從大氣中通過葉片的氣孔吸進二氧化碳，與根系吸收的水分生成碳水化合物，并釋放出氧氣和熱量，這一過程叫做光合作用。光合作用形成碳水化合物，碳水化合物進一步合成淀粉、脂肪、纖維素或氨基酸、蛋白質、原生質或者核酸、葉綠素、維生素以及其他各種生命必需物質，并由這些物質構造出植物體來。
如果仍按照以前的肥料用量施肥，就會造成施肥過量。過多施用的肥料量超過土壤的保持能力時，就會流入周圍的水中，形成農業面源污染，造成水體富營養化，導致藻類滋生，繼而破壞水環境。
3、浪費大量緊缺資源
氮、磷、鉀是植物所需營養的“三要素”.大氣中的氮氣是絕大多數莊稼不能利用的氮素形態，必須通過消耗大量能源把它變成氨氣態活性氮，轉化成能夠被植物利用的其他形態作為肥料。過去生產氮肥主要以石油為原料，現在靠天然氣和煤。這些能源都是我國的緊缺資源，這也正是化肥生產成本居高不下的原因之一。
二、化肥施用過量應對措施
1、要加強和完善配方
施肥中的各項技術措施。在配方施肥過程中要充分完善施肥參數，如單位產量養分吸收量、土壤養分利用率、化肥利用率等，這些參數隨生產條件的變化亦在不斷改變，在原來化驗土壤、植物營養需求的基礎上，新增環境條件分析項目（如水質、土壤有害物質含量、化肥農藥污染等），來不斷充實完善施肥參數，優化配方施肥。
2、增施有機肥
發酵腐熟的農家肥、成品有機肥，不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，從而培肥地力，提高肥料利用率，有助于促進作物的生長和提高農產品的品質。
3、要加大對微肥及生物肥的利用
微肥能平衡作物所需的養分，而生物肥料又能通過自身所含有的微生物分泌生理活性物質，能起到固氮、解磷、解鉀、分解土壤中的其它微量養分，提高化肥和有機肥的利用率，改善土壤的理化性狀，使土壤能供給作物各種養分，促進作物生長，提高作物產量和產品品質，同時還能分解土壤中的有害化學物質和殺死有害菌群，減少化肥、農藥的殘留量及有害病菌。
4、要協調大量元素與微量元素之間的關系
人們在配方施肥中，往往重視氮、磷、鉀等大量元素的使用，而忽視了微量元素肥料的施用。增施微量元素或噴施微量元素生長劑及復合生物生長劑，都能使養分平衡供應，促進作物體內營養快速轉化，減少有害物質的積累，是促使作物抗病、防病并增加產量、提高品質的好方法。