淮陰所自2007年起開始農業科學觀測工作，并按照國家數據中心及省農科院統一部署安排，依據有關數據采集的標準、規范要求，組織植保等團隊及科研人員，充分利用現有科研條件，積極協調爭取各方面經費支持，對淮安區域范圍內的“植物保護”“天敵等昆蟲資源”“土壤質量”以及“農業環境”“作物種質資源”等領域進行持續扎實的觀測監測工作；特別是圍繞本地區水稻、小麥和玉米等主要農作物的重要病蟲草害發生數量及種群、個體變化及抗藥性、作物抗性變化等觀測監測，嚴謹務實、富有成效。年開展各種觀測實驗數百項，采集稻麥玉豆等農作物病菌60多份，天敵昆蟲50多份，上傳病蟲情數據8000余條。在2021年國家農業科學基礎性長期性觀測監測工作總結評比中，榮獲年度農業科學觀測（植物保護）“先進單位”，陳香華、李美霞、趙云霞和張凱、唐藝婷等五位同志被評為“先進個人”。

在此期間，淮陰所還堅持對數據監測結果進行分析、總結，提出了一系列專業性、綜合性分析報告，為推動區域農業科技源頭創新和管理決策提供了基礎支撐和重要參考。同時，緊緊圍繞國家“在全國布局一批負責觀測監測的國家農業科學實驗站”目標安排，不斷整合資源要素，協調各方力量，積極準備、申報“國家農業科學觀測實驗站”。經由各數據中心綜合考察，該所植物保護、天敵等昆蟲資源和土壤質量3個方向（領域），被確定為“十四五”期間國家農業科學觀測實驗點及簽約項目，并在2021年11月國家農業部科技教育司組織的“十四五”擬新增國家農業科學觀測試驗站復核工作中，順利通過考評答辯，成為“十四五”國家擬新增30個國家農業科學觀測試驗站之一，目前正在編制可行性研究報告。

農業基礎性長期性科技工作是國家農業管理部門為了推動我國農業科學技術創新與發展、指導農業生產實施的開創性重大舉措。旨在通過長期系統地對農業生產要素及其動態變化進行科學觀察和記錄，闡明內在聯系及規律，從而服務政府決策、支撐科技創新和指導實際生產。2017年國家正式啟動該項工作，由國家農業農村部統一領導，并委托農業科學院牽頭組建的國家農業科技創新聯盟牽頭協調組織，依托農業部部屬三院、省地農科院（所）即中央-省-地三級聯動、全國一體化的工作格局作為主體具體實施。在作物種質資源、土壤質量、農業環境、植物保護、畜禽養殖、動物疫病、農用微生物、漁業科學、天敵等昆蟲資源、農產品質量等10個領域進行62項任務的長期觀測監測。