江蘇省農業科學院現直屬江蘇省政府領導，綜合性的農業科研機構。主要任務是：針對國家和江蘇省農村經濟與科技發展目標和方向，開展農業應用研究、農業應用基礎研究、農業開發研究、農業宏觀政策研究，同時開展科技示范和科技服務工作，為全省農業和農村經濟發展提供成果和技術支撐。
江蘇省農業科學院按專業劃分設有糧食作物研究所、經濟作物研究所、蔬菜研究所、園藝研究所、植物保護研究所、畜牧研究所、獸醫研究所、農業資源與環境研究所、農業生物技術研究所、原子能農業利用研究所、農產品加工研究所、食品質量與檢測研究所、農業信息研究所等13個專業研究所。
按農業生態區劃在全省設有江蘇徐淮地區徐州農科所、江蘇徐淮地區淮陰農科所、江蘇徐淮地區連云港農科所、江蘇沿海地區農科所、江蘇沿江地區農科所、江蘇里下河地區農科所、江蘇丘陵地區南京農科所、江蘇丘陵地區鎮江農科所和江蘇太湖地區農科所等9個農區所，2004年在宿遷新建成了宿遷分院。
院內建有國家甘薯改良中心、國家油菜、水稻、小麥三個改良分中心；國家獸用生物制品工程中心、國家食品重點實驗室、農業部作物遺傳與分子育種重點開放實驗室、畜禽重點實驗室、植物新品種測試分中心、油菜原原種繁育基地、小麥原原種繁育基地；江蘇省畜產品重點實驗室、農業生物學重點實驗室、水稻工程技術研究中心、生態工程技術研究中心、農作物種質資源庫、農作物種質資源信息平臺、農作物引繁中心等研究平臺。同時，功能現代化的農作物科學研究基地和動物科學研究基地分別在溧水和六合建成，并投入使用。
“十五”以來，江蘇省農業科學院按照科技體制改革要求，相繼成立了明天種業、南京天邦、蘇科農化等一批科技型企業，承擔著科技成果轉化的重任。
全院現有在職科技人員1200余名，其中高級科技人員495人，博士（含在讀博士研究生）160余人。這支高層次高水平的人才隊伍在我院發展過程中正發揮著越來越重要的作用。
江蘇省農業科學院在中央有關部委的指導下，在省委、省政府的直接領導下，按照我省優勢農產品產業化發展要求和面向生產發展的重大需求，以選育新品種和關鍵技術攻關為重點，不斷拓展農業研究領域，努力推進科技創新，為優勢主導農產品產業升級提供品種和技術支撐。“十五”以來，全院共承擔各類（含參加）科研課題1600多項，獲得部省級以上成果獎勵45項，兩優培九是目前全國推廣面積的超級稻品種，獲國家科技發明二等獎，揚稻6號是中國秈稻的典型代表、是當今雜交稻的骨干親本，獲國家科技進步二等獎；寧雜1號油菜、南京16號水稻、棉鈴蟲控制技術、水稻螟蟲控制技術等一批科研成果獲省科技進步一等獎；全院共審定水稻、小麥、油菜、玉米、棉花、蔬菜等各類農作物新品種226個，占同期本省審定品種的50％以上；申請國家植物新品種保護177件，授權品種68件；申請專利155件，授權專利35件，獲得新農藥獸藥證書30多個。這些農業科技成果在生產應用中產生了巨大的社會經濟效益。全院科技產業、科技服務和精神文明工作蓬勃發展。
站在新的起點，全院職工心潮澎湃。江蘇省農業科學院將在黨的“十七大”精神指引下，緊緊圍繞現代農業發展的新要求，充分發揮自身優勢，緊密跟蹤國際、國內農業科技發展前沿，加快農業科技創新體系建設，不斷提高農業科技的創新能力、儲備能力和轉化能力，為促進農業科技進步、加快現代農業發展作出更大貢獻。