四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院前身為1938年成立的四川省農(nóng)業(yè)改進(jìn)所，1964年正式建制為四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院。全院現(xiàn)設(shè)作物所、土肥所、植保所、生核所、遙感所、信息所、測試中心、園藝所、茶葉所、水稻所、經(jīng)作所、蠶業(yè)所、水產(chǎn)所等13個研究所（中心）和實驗場、服務(wù)中心2個服務(wù)機(jī)構(gòu)。截止2005年12月底，有職工2479人，其中在職職工1480人。全院現(xiàn)有博士52人、碩士111人；研究員62人，副研究員159人；國家突貢專家7人，政府津貼專家69人；省優(yōu)專家8人，省學(xué)術(shù)和技術(shù)帶頭人24人、后備人選27人；四川省和成都市科技杰出貢獻(xiàn)獎獲得者2人；國家百千萬人才工程、二層次人選和新世紀(jì)百千萬人才工程人選2人。
全院設(shè)有糧食和經(jīng)濟(jì)作物育種、種植制度、資源環(huán)境、生物技術(shù)、信息技術(shù)、家蠶、水產(chǎn)等50多個學(xué)科和專業(yè)。近年來，先后建設(shè)了一批研究中心和國際合作中心（實驗室）：四川省農(nóng)科院水稻區(qū)域技術(shù)創(chuàng)新中心，國家農(nóng)作物改良中心成都玉米分中心、瀘州水稻分中心和簡陽棉花分中心，農(nóng)業(yè)部植物新品種保護(hù)測試（成都）分中心，中德油菜研究中心，農(nóng)業(yè)部轉(zhuǎn)基因植物環(huán)境監(jiān)督檢驗測試西南中心，農(nóng)業(yè)部食品質(zhì)量監(jiān)督檢測中心，農(nóng)業(yè)部遙感中心西南區(qū)域分中心，農(nóng)業(yè)部長江上游農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境重點開放實驗室和水稻、玉米、小麥、油菜、棉花、高粱等原原種基地，糧農(nóng)組織國際農(nóng)業(yè)信息體系中國西南分中心，博士后科研工作站，四川省國際科技合作基地與中國和德國合建的“中德油菜研究中心”等。
“九五”以來，全院獲得國家、部、省級科技成果獎119項。其中，國家發(fā)明二等獎2項、三等獎2項，國家科技進(jìn)步一等獎1項、二等獎4項，三等獎1項，省科技進(jìn)步特等獎1項、一等獎10項、二等獎29項，發(fā)表論文2990篇。
“十五”期間四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院育成農(nóng)作物新品種168個（國家審定品種19個，省級審定品種149個），占四川省攻關(guān)組育成品種的38%，被列為省主推品種26個,獲專利45項，品種權(quán)25個。2004年獲得農(nóng)業(yè)部植物新品種保護(hù)先進(jìn)單位。
“十五”期間，四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院主要農(nóng)作物新品種在省內(nèi)外累計推廣2.7 億畝,占全省糧棉油作物種植面積的40 %；新品種、新技術(shù)、新產(chǎn)品在省內(nèi)外累計推廣2.1億畝，累計增加糧食135億公斤,皮棉1200萬公斤，新增社會經(jīng)濟(jì)效益130億元。
2004年，經(jīng)科技部評估，四川省農(nóng)業(yè)科學(xué)院有3個研究所進(jìn)入全國省級農(nóng)林科研機(jī)構(gòu)科技綜合競爭力前100名，其中，作物所名列全國省級農(nóng)科院“百強(qiáng)所”。2005年，本院被省委、省政府授予“科技創(chuàng)新先進(jìn)單位”和“科技對外開放先進(jìn)單位。