巴西科學家越來越擔憂大豆銹病正在形成殺菌劑抗性。目前，在巴西用于防治銹病的農藥具有三種作用模式，而該疾病可對具有不同作用模式的農藥形成多重抗性。大豆銹病在過去四個種植季并未成為巴西農戶的重大病害，但是隨著殺菌劑失去效用，情形將會改變。
部分原因在于，在種植二茬大豆時，大豆種植季延長。在巴西有些地區，在9月至來年6月這段時期，田間一直有大豆生長。這為疾病針對施用的多種殺菌劑發展抗性留下了充裕的時間。另外，許多巴西農戶僅使用具有一種作用模式的農藥，加劇了抗性形成。
Embrapa科學家ClaudiaGodoy表示，疾病對不同殺菌劑正變得不那么敏感。原來可以達到90%病害防治效果的一些農藥，當前的效用降低到20%至40%。在糟糕的情形下，一些農戶不得不在種植季加大噴施力度，數量多達十次，如此才足以控制病害。他們未聽從科學家的建議，輪換施用農藥來抵抗銹病。多次施用一種農藥也可以加速形成抗性。科學家擔心一些農藥在短短兩年內將完全失去防病效果。他們預料到了殺菌劑效用的喪失，但疾病形成抗性的速度超出意料之中。當該疾病2000/01年種植季首次出現在巴西時，防控方法未起到任何作用，自此之后，科學家和農戶才發現了有效的方法。
然而，隨著農藥漸失效用且近期未上市新的農藥，科學家擔心病害會變得更嚴重。這也是他們為何推動取消二茬大豆種植、延長無大豆期的一個原因。馬托格羅索州的二茬大豆種植始于2015/16年種植季并將先行在巴西取消，巴拉那州等其他州還懸而未決。缺乏作物輪作讓病害更加難以防治。在馬托格羅索州，種植的一茬作物幾乎為單一的大豆，所有的玉米幾乎作為二茬作物種植。巴拉那州也為單一的大豆種植州，在2015/16年種植季，該州多達90%的一茬作物為大豆，農戶將更多的玉米作為二茬作物種植。作物輪作功效的下降令科學家極為擔憂。