大豆病蟲害在大豆的生長各個階段中都會發生，不同階段病蟲害不同，必須根據不同階段來使用不同的農藥來防治：
1、大豆出苗前科學施用除草劑
用于大豆出苗前施用的除草劑，常用的有普施特、廣滅靈，這兩種對禾本科雜草和一些闊葉雜草都能防除。另外，乙草胺和都爾主要防除禾本科雜草，還必須與防除闊葉雜草的豆磺隆或富克混用。施用普施特要注意防止對后茬作物的殘留藥害。第二年只能種豆科作物。第三年也不能種植甜菜、瓜類。
2、大豆蚜蟲的防治（6月中旬-7月上旬，高溫干旱時危害嚴重）
大豆蚜蟲多集中在大豆的生長點、頂葉、幼嫩葉背面，刺吸汁液危害。造成葉片卷曲、植株矮化、降低產量，還可傳播病毒病，造成減產和品質下降。全年大豆上都可發生。
防治方法：農藥藥劑防治為主，用522.5g/升氯氰·毒死蜱、或20%甲氰菊酯乳油。
3、大豆食心蟲的防治
大豆食心蟲是咬食豆粒的小紅蟲。幼蟲鉆入豆莢，咬食莢中的嫩豆粒，可吃掉半粒豆，降低大豆產量和品質。此蟲一年發生一代，以老幼蟲在豆地結繭越冬。第2年7月下旬變成蛹和蛾子，飛到豆莢上產卵，7-8月份降雨量多、土壤濕度大，有利于發生。
防治方法：用甲拌磷顆粒劑拌土，8月10日前后，撒于田間，每4壟撒1壟，或用480g/升毒死蜱乳油、或1.8%阿維菌素乳油、或20%乙酰甲胺磷乳油噴霧。
4、大豆根蛆（根潛蠅）的防治
大豆根蛆又叫大豆根潛蠅。只危害大豆和野生大豆。幼蟲咬食大豆幼苗根部，形成蛆道，并排泄糞便，造成根部腐爛、豆株矮小，被害嚴重的豆苗枯死。此蟲一年僅發生一代。以蛹在大豆根皮腫瘤內或土縫內越冬，來年5月中下旬，羽化為成蟲，在大豆根處產卵，孵化出幼蟲，危害豆苗根部。
防治方法：用藥劑拌種預防幼蟲，用40%樂果乳油按種子量的0.7%拌種。成蟲發生盛期可用1.8%阿維菌素乳油、或480g/升毒死蜱噴霧防治。
5、黑絨金龜子的識別與防治
黑絨金電子俗名瞎撞子、大絨馬褂。主要以成蟲（金電子）危害大豆幼苗，咬食生長點或咬斷幼莖，嚴重發生時可將幼苗吃光造成缺苗斷條，甚至毀地。此蟲一年發生一代，以成蟲在土中越冬，豆茬地發生的多。4月下旬至5月上旬先在雜草上取食，大豆出苗后，咬食豆苗。此蟲夜間潛伏在土中，白天出來危害。午后3-5時取食盛，無風日暖的天氣蟲量。
防治方法：可用20%甲氰菊酯乳油、或2.5%敵百蟲、或2.5%敵殺死、等噴施。
6、大豆霜霉病的防治
大豆霜霉病危害幼苗、葉片和子粒。當片真葉展開后，沿葉脈兩側出現褪綠斑塊。成株葉片表面呈圓形或不規則形，邊緣不清晰的黃綠色星點，后變褐色，葉背生灰白色霉層。病粒表面黏附灰白色的菌絲層，內含大量的病菌卵孢子。病菌以卵孢子在種子上和病葉里越冬，成為來年初侵染菌源。每年6月中下旬開始發病，7-8月是發病盛期，多雨年份常發病嚴重。
防治方法：用40%乙磷鋁，或25%甲霜靈拌種。田間發病時可用乙磷鋁或甲霜靈噴灑。
7、大豆根腐病的防治
該病發生后，很難，應以預防為主。發現病株及時撥出，病株殘體，并在病株栽植穴及四周撒生石灰消毒。預防可選用甲基硫菌靈、或根腐靈、或多菌靈、或百菌清、或可殺得、或殺毒礬，以上任何一種農藥加氨基酸（大豆健粒飽或三天綠等），加黃腐酸鹽，加生根粉噴施。每7天噴1次，連續噴2-3次，交替使用，重點噴灑植株的主莖基部。如用以上藥液灌植株根部，效果更佳。