施肥方法隨著農業技術的發展與創新不斷的改變。“莊稼一支花，全憑肥當家”，這句農諺在很大程度上說明了農作物高產與施肥的關系十分密切。過去，傳統的農業主要是以施用農家積造的有機肥為主，后來隨著農業新技術的推廣運用，大多數農戶改為農家肥與化肥兼用，特別是在農村主要勞動力轉移較多的地方，在農作物施肥上，更多地改為以化肥當家了。
但是，由于施肥方法不當和施肥數量的不斷增加，也日益顯露出一些弊端，一是過量施用氮肥，使未被利用的氮素轉化成氣態氮，其中的一氧化二氮排到大氣層中有損臭氧層；二是在降雨或灌溉時，土壤中過剩的硝酸鹽會造成地下水系或水域的污染，致使農作物遭受肥害或使池塘中的魚類窒息而死；三是長期單施氮素肥料，使土壤中殘留大量的硫酸根和碳酸根離子，與鈣離子反應易形成土壤板結，使土壤的物化性能削弱；四是偏施氮肥，還會使農作物營養生長過旺，造成環境蔭蔽，誘發病蟲害；五是雨前大量撒施肥料易提高土壤肥料溶液濃度，使之發生急性反滲透，導致農作物局部或者大片萎蔫或死亡。
怎樣讓化肥對環境的負面影響小、限度地提高化肥利用率呢？
一、按照目標產量平衡施肥。在一定的施肥水平范圍內，作物的產量與施肥量正相關，過于增加施肥總量或者單一肥料數量，由于營養環境失去生態平衡，反而會遭致減產。因此，不能說肥料施用越多產量就會越高。據測定，每生產100千克稻谷，需從土壤中吸收氮1.85千克，五氧化二磷0.85千克，氧化鉀2.1千克。每生產100千克皮棉，需要吸收氮12千克，五氧化二磷4千克，氧化鉀12千克。只有平衡施肥，才能防止肥料間的相克現象。當然，在確定施肥量時，還要考慮氣候、土壤、肥力等綜合因素，酌情掌握。
二、深層施肥、以水調肥。撒施化肥易揮發污染空氣，又易流失污染水域。生產上要堅持化肥深層施用，以便用土壤覆蓋保護化肥，減少揮發和流失并防集中釋放傷害作物。在墑情不足時，要適量灌水調墑，做到以水調肥。如在蒸發量過大時，缺墑往易導致肥液濃度增高，產生肥害，適墑調肥才能充分發揮肥料效應。
三、拌施有機肥。有機肥料雖釋放較慢，但養分比較齊全，作物對其吸收能力較強。將化學肥料與有機肥料混拌后，其中的養分可被有機肥料吸附或與之結合，爾后逐步釋放出來，既延長供肥時間，又減少了養分的無謂消耗。
四、改進肥料制劑，調控供肥高峰。一是將單一品種肥料制成廣譜型的復配肥料：二是根據作物的需肥特點制成專用型肥料；三是運用改性手段將速釋肥料制成緩釋肥料；四是將無機肥與生物有機復合肥配制成優勢相補的顆粒肥料，提早或推遲施用時間，使作物的需肥高峰與供肥高峰相互銜接，充分發揮肥效。