殺菌劑同樣屬于殺菌農藥，其之所以被稱為殺菌劑，是因為它可以從病原菌的根源上來解決問題，其主要兼用化學類方法，利用自然界的生物鏈和化學藥劑治本的原理來達到解決問題地目的。
根據病原菌的不同，也可以將殺菌劑分為不同的種類，比如：
對于白粉病害可以使用乙嘧酚、醚菌酯、控白等殺菌劑進行防治，其效果顯著。
針對腐霉病害可以使用的殺菌劑包括惡霜菌酯、甲霜惡霉靈和烯酰嗎啉等藥劑。
氟硅唑、硅唑咪鮮胺等殺菌劑對于炭疽病害的防治有明顯效果。
針對疫病病害可以使用嘧啶核苷類抗菌素、嘧菌酯百菌清等殺菌劑來防治。
對于枯萎病害的防治有奇效的殺菌劑有惡霉靈、聚砹嘧霉胺等。
使用枯草芽孢桿菌等殺菌劑防治細菌性病害有奇效。
噴施氨基寡糖素、核苷溴嗎啉胍等殺菌劑可以有效防治病毒病害。
殺菌劑是提高殺菌劑作用效率的前提條件，而不管是使用水劑還是可濕性粉劑殺菌劑進行噴霧時，都必須用水將藥劑稀釋到合適的濃度。這樣不僅能夠大幅增強藥劑質量，還有便于避免藥害和抗藥性，而且殺菌劑對于常見的細菌性病害、真菌性病害和病毒病性病害都有這顯著效果。
但是任何事物都有兩面性，正是因為殺菌劑具有超高的療效，所以對于其使用方法一定要科學合理，準確的按照產品說明使用，否則其很容易產生藥害。