目前，國內微生物肥料發展穩定，隨著肥料知識的普及，廣大農民朋友都已經開始不斷的嘗試各種新肥。想要使微生物肥料達到的功效，還需要注意三個方面。
微生物肥料是指含有特定微生物活體的制品，通過其所含有微生物的活動，增加植物養分的供應量或促進植物生物生長，提高產量，改善農產品品質及生態環境。目前，微生物肥料主要包括微生物接種劑、復合微生物肥料和生物有機肥。
微生物肥料因其成分構成的特殊性，在使用時要特別注意，如果方法不得當，其中的微生物活動就會受到抑制，甚至不會發生作用，因此，專家提醒，微生物肥料在使用時應注意以下幾點：
1.控制化肥在土壤中的濃度。肥料中的化肥和微生物菌劑通常會發生接觸，而這兩者的接觸對微生物活性會產生一定的影響。舉例來說，固氮菌在低濃度隨時間的延長，活菌數反而會增加，而解磷菌和解鉀菌都具有中間活菌減少后期增加的現象，即在一定化肥濃度范圍內無機養分可以促進固氮菌的生長，化肥在低濃度是能夠促進解鉀菌的生長。
2.巧妙搭配有機肥等肥料。微生物肥料與有機肥混合漚制（嚴格控制高溫），能起到增效作用。配合使用復合肥、葉面肥、CO2氣肥，這樣能更有效控制硝酸鹽、亞硝酸鹽含量。
3.配合使用農業技術措施。改善土壤環境條件對微生物的活動和繁殖有著重要的作用。因此，土壤要采取深耕翻措施，搞好中耕，作好排澇防旱工作。還要抓好秸稈還田，增施有機肥等措施，始終保持耕作層的碳源充足和疏松、濕潤環境，從而發揮微生物肥料增產增效的肥力作用。