建國以來化肥流通市場的收與放的過程，也就是對化肥市場流通權力把握的“集權”與“分權”過程，從整個形成過程來看，兩個過程均存在利與弊的矛盾。
“集權”的利與弊
所謂的“集權”，是指以國家行政手段賦予行政機關以外的國家有關企業，以其高度的計劃壟斷來運作化肥的流通全過程。不難看出，“集權”是計劃經濟的衍生品。不可否認，像化肥這一特殊商品，以“集權”手段為主基調的計劃時代，對穩定市場和市場有效配置以及增加農業生產乃至對整個國家經濟的穩定都發揮了不可替代的作用，這一時期保留下來的化肥流通渠道（現在稱為網絡）仍然對市場經濟下化肥流通產生較大的影響和作用。
這種“集權”首先是將化肥商品進行了區別于其他一般商品的戰略定位。其次，“集權”對化肥資源進行了全國“棋局”的有效布置，這充分體現在全國化肥的調配功能上。三是形成了國家控制下的化肥價格體系，真正了農民利益實實在在的擁有，嚴格的價格控制和貫穿于整個化肥流通過程中的價格監督，有效地保護了農民的切身利益。
“分權”帶來的創新和困擾
2003年7月，三年化肥市場放開后，我們稱之為“分權”時代。隨著十幾年化肥市場的重新建立和組合，我們可以看到“分權”模式下的利與弊：首先打破了“集權”時代的市場平衡，各種競爭機制下的市場配置應運而生，這一配制的形成反作用于生產企業，使生產企業在十多年的時間里不斷催化企業的管理升級和產品升級；從而增加了市場供給，使我國的化肥產品結構和生產能力均有驚人的發展。到目前為止，我國的化肥生產量不僅能滿足內需，而且有大量的成品肥出口。二是理順了政府與企業的關系，杜絕以行政行為代替企業行為、違背市場規律的現象。三是“分權”機制的形成也同時帶來業內的競爭，這種不斷的競爭形成了市場的良性發展，促使從業者不斷改善自我、發展自我。四是可供農民自主選擇服務對象和使用的化肥空間更大。
當然，和其他事物一樣，“分權”模式的化肥流通機制形成以來，也帶來了諸多問題和困惑。首先，化肥產能的過度擴張給市場和農民帶來的不是福音，更多的是農民對起伏不定的市場有一種茫然。二是無序的企業競爭帶來了化肥基本原料能源的大量浪費，在化肥量嚴重飽和的情況下，出口尿素是現今許多生產企業扭轉企業效益頹勢的選擇。三是從業企業社會責任心的缺失，這主要反映在唯利是圖和造假以次充好兩方面。在農業和農民急需之時缺少有責任心的企業來關心農民和農業生產。我們認為更要值得思考的是，目前這種“分權”式化肥流通模式沒有一個部門、企業來承擔國內市場的調節波動所帶來的風險，對于化肥這樣關乎農業特別是糧食的商品來講，必須引起國家的高度重視。雖然現在國家每年也有財政貼息的救災儲備，但這種模式是一種集約式的，沒有真正像糧食儲備、棉花儲備那樣明確部門承擔職責的長效機制。
應該從“集權”和“分權”兩種模式中趨利去弊，恰當選擇適合今后化肥流通領域健康發展的做法，利用計劃經濟模式的上層監控加市場手段，即終端分散銷售，會切合化肥這一特殊商品的營銷。
“集權”機制附帶的負面影響
這一機制制約了化肥生產企業的發展，化肥數量、質量和技術水平嚴重滯后，由于國家的計劃指令性收購政策，導致了我國化肥企業在很長時期內不發展和發展滯后的嚴重現實。
化肥的市場配置不能完全按市場來調節，人為因素、特別是長官意志，成為決定因素。
由于權力的過于集中，很容易產生腐敗事件，特別是進口化肥的境內外差價巨大所產生的利益誘惑。
責任不明，由于以行政手段來直接或間接插手化肥流通，產生的經濟損失和社會責任一般很難有人承擔。