有機肥是生產綠色食品的關鍵，如果想要生產綠色的有機食品，其中肥料是非常重要的，所以前期先好有機肥是非常有必要的。
如果先用未經過處理的有機肥料很有可能對食品帶來污染會比化肥更嚴重。化學污染是生活中嚴重的污染源，化學污染含有大量的對人體有害的病原體，而這些病毒生命力非常強，能在土壤中存活很長一段時間。
有資料顯示，花菜、黃瓜、扁豆及茄果蔬菜受大腸桿菌污染較重，馬鈴薯、藕、筍、蘿卜、蔥、白菜受寄生蟲卵污染較重。開發和應用商品有機肥是有機肥料發展的一個新領域，適應市場經濟需求，在產品質量上具有可靠性，可作為綠色食品生產的主要肥料之一。
目前了解，商品中的有機肥分為三大類：一是城市垃圾堆肥，而這些堆肥主要分布于大城市。二是活性有機肥料，以畜禽類和農副產品加工下腳料為主要原料，經加發酵微生物進行脫水和化處理而成。三是腐殖酸、氨基酸類特種有機肥料，富含有機營養萬分和植物生長調節劑。