利用微生物分解秸稈需要一下幾點：微生物生長發育所需的營養、適宜的溫度和濕度、通氣量以及pH值。在這樣的條件下微生物會大量的繁殖，從而加速農作物秸稈的分解，更加迅速的使碳、氮、磷、鉀和硫等分解或者是生成新的有機物和腐殖質。
我們都知道農作物秸稈中纖維素、半纖維素占有非常大的比例，而纖維素是一種葡萄糖的聚合物，具有非常的特殊的結構，可以抵抗氧化劑的侵蝕，但是容易被濃酸給水解。而微生物之所以對纖維素有作用，這完全是因為微生物的特殊功能和分解的條件。
微生物分解纖維素主要分為兩個階段：個階段微生物自身可以分泌一種纖維素酶可以是纖維素得到有效的水解，從而生成纖維糊精、纖維二糖，纖維素二糖在纖維二糖酶的作用下生成葡萄糖。第二個階段就是把纖維素水解后的產物發酵，在這個階段不同的微生物發酵出的產物有所不同，例如好氧纖維分解菌在分解纖維素的時候是把纖維素完全的分解，生成物有纖維素CO2、粘液物質、色素以及大量的微生物細胞物質，還有35%左右分解的纖維素會轉變成纖維素分解菌的細胞物質。厭氧性纖維分解菌則會生成多種有機酸（例如醋酸、丙酸、丁酸、蟻酸、乳酸和琥珀酸等）、醇類、二氧化碳和氫氣。
半纖維素是多種化合物的結合體，含有多縮醣醛和多縮糖醛酸。通過微生物的分解下，會產生簡單的單糖類（C6H12O6、C5H10O5），以及糖醛酸或醣醛酸糖酸和糖
的混合物。半纖維素多數是被真菌和細菌分解，其中半纖維素也是微生物細胞物質（莢膜）的重要組成部分。