所謂的固氮菌肥料就是一種可以自生固氮和聯合固氮微生物菌生產出來的，其固氮過程是一種生物活動，所以對環境和人畜沒有危害。現在固氮菌肥料在農業上廣泛的應用，應用范圍、效果穩定是根瘤菌肥。
固氮菌肥料中含有大量好氣性自身固氮菌，這種菌通過自身固氮菌不和其它高等植物共生，也不像其它微生物一樣的有寄主選擇，它是獨立的生存在土壤之中，在土壤中利用有機質或根系分泌的有機物作碳源來固定空氣中的氮素，或直接利用土壤中的無機氮化合物。固氮菌在土壤中分布很廣，其分布主要受土壤中有機質含量、酸堿度、土壤濕度、土壤熟化程度及磷、鉀、鈣含量的影響。
由于固氮菌肥料是由固氮菌微生物生產出來的，所以它屬于微生物肥料。在其生產過程中固氮微生物通過自身的生理習性自發的在特定的條件下把氮氣還原為氨，無需設備和能源消耗，所以固氮菌肥料的生產過程，不僅可以減少能源的消耗還可以污染物的排放，減少農藥生產對環境帶來的污染。同時還可以減少化學化學氮素的投入，進而見降低了硝酸和亞硝酸在農副產品中的含量，改善農作物果實的品質。
我們在使用固氮菌肥料的方法有三種：
一、固氮菌肥料可以和有機肥配合通過溝施或者是穴施，使用后要馬上在肥料上面覆蓋土壤。
二、固氮菌肥料可以用作農田追肥，在使用時和濕肥土摻拌均勻，再把其堆放四天左右，加上農家稀糞水攪拌均勻，然后開溝澆在作物根部在覆蓋上土壤。
三、固氮菌肥料還可以用與種子拌種，再是使用固氮菌肥料拌種的時候，在菌肥中加適量的水混和均勻，再把種子添加進去混拌，然后撈出陰干即可播種。