對于秋季作物，微肥的施用很重要，雖然施用量少，但卻是缺之不得。例如：油菜缺硼會秕力曾多，花菜缺硼，莖稈會開裂，蘿卜缺硼會出現空心等。掌握微肥施用法則，科學施用微肥對作物增產起關鍵性作用。
一、拌種法
取少量水溶解微肥，然后噴撒在種子上，注意要拌勻，使種子表面沾上一層肥液。一般每0.5公斤種子僅用微肥1-4克，待種子吸完并明干后即可播種。若是干拌，則需將微肥粉末與種子充分拌勻，其拌種用量一般按每公斤種子用量為：硼砂2-6克，鉬酸銨2-4克，硫酸銅8-15克，硫酸鋅4-6克，硫酸銅4-6克，稀土微肥2-4克。
二、浸種法
先將微肥用水稀釋，將種子倒入肥液中，促使種子將微肥吸收進入種子內膨脹。注意在浸種過程中需要經常翻動種子，使種子均勻吸收。
常用的浸種濃度和時間為：鉬肥以0.05%-0.1%的鉬酸銨溶液浸10-12小時；硼肥以0.05%的硼砂溶液浸4-6小時；鋅肥以0.05%的硫酸鋅溶液浸12-24小時；錳肥以0.1%硫酸錳溶液浸8-12小時；稀土微肥以0.03%-0.1%的硝酸稀土浸10-12小時。種子浸好后，撈出晾干后即可播種。
三、葉面噴施法
頁面噴施具有省工省時、快等特點，深受廣大農民喜愛。施用方法為：先將有關微肥用水稀釋后再噴。通常硼砂或硼酸為0.1%-0.25%，鉬酸銨為0.05%-0.1%，硫酸銅為0.01%-0.02%，硫酸錳為0.05%-0.1%，硫酸銅為0.01%-0.02%，硝酸稀土為0.03%-0.1%。再根據作物生育期的長短決定噴灑次數。對敏感作物和缺素土壤宜多噴，每次噴灑以莖葉沾濕潤為宜；宜選擇晴天黃昏噴灑，盡可能延長肥液在作物葉片上的濕潤時間，增強吸肥效果。根據需要，將幾種微肥混合噴灑或與其他肥料及農藥混噴，以達到肥料互補、互促作用，以及省工多效效應。但須事先經過少量混合觀察，有無渾濁、沉淀、冒氣泡等不良反應，若有則不能混用，以免造成浪費和副作用。
四、土施法
秋播作物播種時，將微肥0.5-1.5公斤與種子同時播入播種溝內，如果土施數量足，可供作物整個生長期利用。試驗表明，微肥用量大時，植株體內微量養分含量就大，由于微肥在土壤中易被土壤顆粒固定，用量較大，投資較高，所以要盡量集中使用，以減少當季損失土施的微肥。這樣一來，不僅當季當年，而且持續幾年仍可獲得較好效果。因此土施法適宜于經濟條件較好、勞力較少的農戶應用。
注意事項：
作物對微量元素的需求數量較少，微肥從缺乏到適用量的范圍相當窄，因此，要防止用量過大，注意施用均勻。注意與大量元素肥料配合使用。在滿足作物對大量元素需求的基礎上，微肥才能表現出明顯的增產效果。注意各種作物對微肥的反應程度。如果連年種植同一作物或只施含大量元素的單一肥料，并且不注意增施有機肥的地塊，就容易出現微量元素缺乏癥。