EM微生物制劑在農業上的使用廣泛，在水田和旱田的使用中都有很明顯的效果，下面就跟隨小編的腳步看一下具體的使用方法吧。
在水田中的使用以水稻為例。在耕種時期，對有肥田草和稻草還田的水田潑灑1斤/畝的1000倍稀釋液漚田；不是肥田草和稻草還田的地塊就使用100斤/畝的發酵堆肥。在水稻播種前，就用200倍稀釋液浸種2-4個小時，之后播種；在插秧前，要用500倍稀釋液泡根5分鐘的話，促進秧苗的聲場。在秧苗長到2-3片葉期間，用1000倍稀釋液噴灑幼苗兩次，能提高幼苗的成活率。在秧苗移栽期，追用100斤/畝的發酵堆肥，或者是稀釋液隨水澆灌，能增強秧苗的“抵抗力”.在秧苗分蘗期、孕穗期、抽穗期，根據秧苗的生長情況，用500-1000倍稀釋液噴打頁面，促進水稻生長，提高產量。在水稻收割之后，用400-600斤/畝的EM微生物制劑發酵堆肥撒在地中，能讓草籽提前發芽，在寒冷天氣凍死；第二年春，噴施一次500倍稀釋液，加快殘余草籽發芽。在翻田的過程中將雜草出去，連續2-3年，雜草能全部。
在旱地的使用適合在小麥田、大豆田、玉米田、油麻田、煙葉田、蔬菜田等地使用。在翻耕整地的時候，施用100斤/畝EM微生物制劑發酵堆肥或者是500倍稀釋液均勻噴灑，起到消毒殺菌的功效，堆肥要入土20公分。在播種前，用200倍稀釋液進行浸種；出苗后，用1000倍稀釋液噴灑一次即可；移栽的時候再用500倍液浸泡根部5分鐘，之后移栽定植，泡根后的稀釋液可以用來澆灌根部。在生長期的時候，根據作物的生長情況來決定每周噴灑一次100倍稀釋液，一茬作物不能少于2次，還可以使用EM微生物制劑的堆肥稀釋液追肥，效果更好。
EM微生物制劑無論是稀釋液還是堆肥，都快速促進作物根系的生長，防治作物病害，讓作物快速生長，讓作物豐收。