有機菌肥與有機肥差不多，有機菌肥就是在有機肥的基礎上加入了一些有益的生物菌體，是有機肥的肥效更加顯著或者是作用更加廣泛等。
有機菌肥與生物菌肥一樣在使用的時候要求的使用技術比較多，同時對于環境的要求也十分的嚴格，因此我們在使用有機肥的時候要按照正確的使用方法來進行使用，從而有機菌肥的使用效果。
在使用的過程中，要把握的除了施肥用量和施肥的深度以外還更要注意正確施用的方法。一般情況下施用的量要根據不同的作物來確定，我們都知道有機菌肥對作物一般很難產生藥害，同時肥效表現的會比較慢，因此有人就會刻意的加大使用量，這樣的話就會造成肥效的浪費，同時也會增加生產成本。所以一定要適量使用。如果是在大田作物中使用有機菌肥的話，通常是每畝使用50-120公斤，同時的施用深度是5-15厘米。同樣深度也取決于作物的種類，如果根淺的話就淺點，如果深的話就深點。通常情況下在使用有機菌肥的時候一般是當做基肥來進行使用，或者前期的追肥也不錯。使用的時期早一點比較好，在播種作物的前4天左右進行施用。如果當做追肥的話，可以將有機菌肥溶于水中，然后澆灌到作物根部即可，效果也同樣是非常的理想。
有機菌肥的固氮能力非常的不錯，同時對土傳病害的抑制作用也非常的顯著，還可以有效的改善土壤環境，因此在近些年中被使用的很多，所以在以后的使用過程中一定要按照正確的使用方法來使用，這樣才能很好的有機菌肥的效果顯著。