生物肥中含有大量有益生物菌，其施用方法多樣，可以作基肥、追肥，可溝施或穴施，也可用來拌種、浸種、蘸根或葉面噴施，具體應根據因菌肥類型來選擇施肥方法，主要有以下三種：
一、農用菌劑，畝用2kg固態菌劑與40-60kg腐熟有機肥混合均勻后作基肥、追肥或育苗；將固態菌劑與營養土摻勻制作營養缽，或與稀泥漿混拌，在苗木移栽前蘸根；播前將種子浸入10-20倍菌劑稀釋液或用稀釋液噴濕，使種子與液態生物菌劑充分接觸后再播種；幼苗移栽前將根系浸入稀釋10-20倍的液態菌劑中，立即取出，或用上述稀釋液噴濕幼苗根系；將菌劑稀釋100倍后用于灌根或沖施；將菌劑稀釋500倍作葉面肥。
二、復合微生物肥，可作基肥和追肥，畝施用量10-20kg；稀釋500倍作葉面肥，按產品說明書要求噴施。
三、生物有機肥，可作基肥和追肥，作基肥時畝施用量約100kg，配施適量農家肥；作追肥用量適當減少，較化肥提前7-10天施入，且應配施適量化肥。
需要注意的是菌肥中的有益生物是有生命的，不可和農藥、化肥以及過酸或過堿物質混放。此外，當土壤氮磷鉀養分含量較高或大量施用氮磷鉀化肥時，根瘤菌、解磷、解鉀菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用過量就會抑制根瘤菌的活動，降低根瘤的固氮作用。