有句俗話說：“養魚先養水”，可見水質是衡量魚蝦養得好壞的一種指標，水質對養殖品種也起著重要的作用。許多有經驗的養殖戶都會通過水質的好壞來判斷魚蝦的情況，是否得病或者能否“泛塘”等。而凈化水質的方法除了傳統的方法（如：注水、使用增氧機、施生石灰）外，還有一種不錯的方法，就是使用水質調節劑：微生物菌肥。
如金寶貝微生物菌肥，其中含多種功能微生物，可以有效分解各種有害物質。當水質過肥、渾濁、透明度低時，施用適量金寶貝微生物菌肥，可以保持水質澄清，防止水質老化，促進浮游生物生長和預防魚病的發生。此外，與傳統方法相比，使用金寶貝微生物菌肥還可以給魚蝦帶來豐富的“天然”食物。金寶貝微生物菌肥中的功能微生物可以分解水草、殘余飼料、糞便垃圾等，形成魚蝦所需的養分，供其食用。施用金寶貝微生物菌肥后，水中浮游生物大量繁殖，池水呈現綠色或褐綠色，效果十分理想。
利用微生物菌肥凈化水質還可以避免化學處理法產生的二次污染，減少污水產生量，改善污水的水質，減低污水的處理費用等，是比較理想的凈化水質方法。