棚室辣椒移栽以后，極易發生根部病害，如根腐病、青枯病和疫病等，造成植株成片枯死。對于這些根部病害應及早采取措施加以有效防控，做好藥劑防治。
辣椒根腐病
辣椒根部病害要早發現、早防治，抓住發病初期及時用藥防治。一般防治根腐病可用50%甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍液，或50%多菌靈可濕性粉劑600倍液，或50%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑600倍液，或綠亨二號500倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，連灌3次~4次。
辣椒青枯病
對青枯病可用綠乳銅600倍液，或70%代森錳鋅500倍液，或75%百菌清可濕性粉劑600倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，連灌3次~4次。
辣椒疫病
對辣椒疫病可用50%甲霜銅可濕性粉劑500倍液，或50%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑500倍液，或72.2%普力克水劑600倍~800倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，連灌3次~4次。注意藥劑要交替使用。信息來源：陜西農村報