番茄病害種類很多，整個生育栽培期均有發生，其中需要重點防治的就是苗期病害。
番茄苗期主要病害
猝倒病
猝倒病多于苗床前期發生，幼苗子葉消耗殆盡而新根仍未扎實時易發病；患病幼苗基部初呈現水漬狀病斑，后變褐縊縮，倒伏死亡，濕度較大時產生白色絮狀菌絲。
苗床連續低溫、高濕是該病發生的主要條件，雨水較多或灌溉不合理會導致病菌蔓延和再侵染。苗床光照不良，通風透氣較差也會加重該病的發生。
立枯病
剛出土的幼苗和大苗均可受害，尤以中后期為主，病苗莖基部變褐色，后病部收縮細縊，莖葉萎垂枯死。稍大病苗或定植后5~10天，病苗莖基部產生暗褐色橢圓形病斑，病株白天萎蔫，夜間復原。
病斑逐漸凹陷，并繼續擴展，繞莖1周后莖基部縊縮變細，地上部的莖葉萎蔫干枯，不倒伏，呈立枯狀。定植后發病，濕度大時組織腐爛，病部產生淡褐色蛛絲狀霉層，后期形成菌核。
猝倒病和立枯病的區別
病狀：較顯著的特點是立枯病是站著死。而猝倒病是幼苗猝倒而死。立枯病開始產生橢圓形不規則的暗褐色病斑，后來病斑擴大，繞莖一周，病部溢縮，葉子萎蔫枯死。
病癥：將立枯病苗拔起，潮濕時可看到淺褐色蛛絲網狀的霉，而猝倒病的病菌是白色絮狀物。
發病時間：猝倒病一般發生在幼苗前期，剛出土的幼苗發病較多；立枯病發生較晚，一般在出苗經過一段時間生長之后發生。
發病溫度：15℃左右易引發猝倒病。立枯病發病適宜溫度為20℃。
莖基腐病
幼苗發病后，首先莖基部變褐，隨后病部收縮變細即發生縊縮現象，進而中上部莖葉逐漸發生萎蔫下垂和枯死。
發病苗白天萎蔫，夜晚可恢復，數日后，當病斑環繞莖一周時，幼苗便逐漸枯死，不倒伏。（根系不腐爛）
生理性漚根
漚根屬于番茄苗期的生理性病害（非侵染性病害），并非由病菌造成。造成該病的原因主要有苗床溫度過低、濕度過大、光照不足。常導致番茄幼苗不發根，根部變褐腐爛，地上部分萎蔫。加強苗床管理是防治該病的重要措施。
番茄苗期病害還有灰霉病、早疫病、晚疫病、根腐病等。多為苗期帶病，后期大面積發生，在種植時應引起重視。夏秋季節溫度超過35℃時間長，還容易引起高溫障礙，會造成花芽分化不良，需控溫降溫。
番茄苗期防治要點
一、因地制宜地選擇和培育抗病品種
不同地區可根據當地農業技術中心的推薦及歷年的生產經驗，選擇合適的主栽抗病品種。
二、加強苗床管理
1.精選苗床地選擇地勢較高不易積水、通風、平坦、向陽的地塊作為苗床地，不利于各類病菌的侵染與傳播。
2.土壤消毒苗床選用新床土，若用舊床土進行土壤消毒，減少土壤中的病菌。土壤消毒可選用多菌靈（防治灰霉病）、菌核凈（防治立枯病）、精甲霜●錳鋅（防治卵菌導致的猝倒病）等。
3.控制田間溫濕度溫度過高可利用遮陽網、降溫劑、澆水、增加通風量等措施降溫。在田塊上撒施草木灰，一方面可以調整土壤酸性；另一方面可以降低土壤濕度，保持土壤溫度。苗期合理灌水，不可漫灌、串灌、過度澆灌。
4.保持田園衛生及時清理田間雜草及感病幼苗。
5.栽培措施防病建議使用營養缽或穴盤育苗，苗床育苗注意播種不要過于密集（播種密集易導致病菌傳播侵染）。精選種子，精細播種，蓋土不可過厚，建議催芽播種。及時間苗，分層上土。合理施肥，不可偏施氮肥，注意增施磷鉀肥，施用農家肥要充分腐熟。
三、種子處理，選用無病種子
1.番茄播種前可用溫水（55℃左右）浸種15分鐘，可對種子上的病菌有一定的控制作用。
2.藥劑拌種：藥劑選擇要注意兼防真菌與卵菌病害，可選擇惡霉靈、多菌靈、甲霜靈、代森錳鋅、菌核凈等藥劑按照說明使用。
四、藥劑處理
藥劑選擇主要是多菌靈、百菌清、瑞毒霉（甲霜靈）、代森錳鋅、惡霉靈、菌核凈、灰霉凈、敵克松、普力克等。
五、生物防治
黑土傳奇+一用閑
拌種：黑土傳奇100ml+一用閑100ml兌水100ml均勻攪拌。
苗床噴施：黑土傳奇100ml+一用閑50ml兌水15-20公斤均勻噴霧。
苗期噴施：黑土傳奇100ml+一用閑50ml兌水15-20公斤均勻噴霧。
果期噴施：黑土傳奇100ml+一用閑100ml兌水15-20公斤均勻噴霧。
灌根/滴灌：黑土傳奇+一用閑兌水稀釋300倍液。