棉花病蟲害是制約兵團棉花產業發展的重要因素之一，為有效指導2021年兵團棉花病蟲害防治工作，兵團現有14個植棉墾區中心病蟲測報站積極開展棉花病蟲害越冬基數監測調查工作。根據2020年秋季越冬基數調查結果，結合2021年新疆農牧業生產氣象年景趨勢預測等綜合分析，對2021年兵團棉花病蟲發生預測如下。
蟲害預測
棉蚜偏重發生，預計累計發生面積為57萬公頃次。其中：苗蚜中等發生，主要發生區域在南疆師、第二師等地；伏蚜偏重發生，主要發生區域在南疆師以及北疆第七師、第八師等地。
棉鈴蟲偏輕發生，發生面積為15.7萬公頃次，局地中等發生。其中：1代輕發生，發生面積為3.5萬公頃次；2代中等發生，主要發生區域在南疆師、第二師和北疆第八師，發生面積為8萬公頃次；3代偏輕至中等發生，發生面積為4.2萬公頃次，北疆第八師局地偏重發生。
棉葉螨偏輕發生，發生面積為20萬公頃次，局地有偏重發生的可能。其主要發生區域在北疆第六師、第七師、第八師等地。
棉盲蝽輕發生，發生面積為3.8萬公頃次，局地中等發生。其主要發生區域在南疆師、北疆第七師等地。
棉薊馬中等發生，發生面積為20萬公頃次，局地偏重發生。其主要發生區域在南疆師、第二師，北疆第七師、第八師等地。
病害預測
棉花苗期病害偏輕發生，發生面積為5萬公頃次，局地中等至偏重發生。北疆區域偏輕發生，南疆師、第二師局地有中等至偏重發生可能。
棉花枯萎病偏輕發生，黃萎病中等發生，局地偏重，兩者發生面積為8萬公頃次；棉花其他病蟲害總體偏輕發生，發生面積為4.5萬公頃次。
2020年越冬基數
棉蚜：2020年棉蚜越冬基數整體偏高。南疆師阿拉爾市2020年秋季棉田平均有蚜株率為40%，高于北疆大部分區域。2020年秋季北疆棉田有蚜株率與往年基本持平，第八師石河子市2020年秋季20cm枝條（黃金樹）越冬卵量為11.24粒，略低于歷年平均值（13.35粒），高于2019年的8.06粒，其中石河子總場的達28粒。
棉鈴蟲：整體上越冬基數與2019年基本持平，局地偏高。越冬蛹量：南疆師阿拉爾市與近3年調查數據持平；第二師鐵門關市29團、塔里木墾區33團有所上升，但仍處于較低水平。北疆第八師石河子市高于2019年和歷年平均值；第六師五家渠市、第七師胡楊河市遠低于近3年平均水平。
棉葉螨：整體上2020年秋末蟲口基數低于2019年，局地偏高。第七師胡楊河市秋末棉田平均有螨株率遠低于2019年同期；第八師全師略高于2019年，低于歷年平均值。
氣候條件
冬季氣候影響：根據2021年新疆農牧業生產氣象年景趨勢預測，大部分區域冬季低溫時間偏多，溫度整體偏低，降雪偏多，不利于病蟲害越冬。
春季氣候影響：2021年度終霜期偏早，大部分區域春季溫度偏高，有利于棉薊馬、棉葉螨、棉黑蚜等害蟲提早出蟄活動和繁殖危害，但不利于棉花立枯病的發生。
夏季氣候影響：夏季溫度偏高，有利于棉鈴蟲、棉蚜、棉盲蝽等害蟲的發育、繁殖。若夏季出現持續3天以上大于35℃以上高溫，對棉蚜發生有抑制作用；若大于35℃日數少且伴有時晴時雨天氣，則須警惕棉蚜有爆發的可能。北疆降水偏少、溫度偏高，有利于棉葉螨的發生和蔓延。高溫天氣對黃萎病顯癥有抑制作用；南疆夏季降水偏多，利于棉花病害發生。
秋季氣候影響：秋季主要植棉區氣溫偏高，初霜期和入冬偏晚，降水偏少，有利于秋蚜等害蟲和黃萎病的發生，但不利于鈴病的發生。
栽培管理
種植結構調整影響：2021年兵團將穩步調減棉花種植面積和進一步優化品種結構，各植棉師將推行棉花品種“一主兩輔”（1個主栽品種，2個搭配品種）；因此，預期棉花種植品種和田間管理一致性較好，將有利于病蟲害的預防和統防統治。但設施農業的發展為棉蚜、棉葉螨等害蟲越冬提供了有利條件，病蟲為害風險加大。
栽培管理措施影響：大部分區域棉田常年連作和秸稈還田，有利于病原積累和發病；秋翻、冬灌面積大幅下降，對大多數病蟲越冬較為有利。
防治措施的影響：部分區域可能出現防治過度、用藥不當的現象。