1.一般貯藏：利用土窖、通風貯藏庫、地下室、防空洞等陰涼場所，可在夏秋季節獲得較低溫度。把番茄裝在淺筐或木箱中平放于地面，或將果實堆放在菜架上，每層架放2～3層果。要經常檢查，隨時挑出己完熟果或不宜繼續貯藏的果實。此法可貯20～30天，作為調劑市場余缺和處理落園果的措施是適宜的。
2.氣調貯藏：當溫度較高或需長期貯藏時，特別是對于高質量果實，宜采用氣調貯藏。
番茄氣調垛的容量多為750-1000公斤，也可達2000公斤。由于番茄自然完熟速度很快，因此用快速降氧法。采用薄膜封閉番茄，垛內溫度很高，易感病。須設法降低溫度，可用無水氯化鈣或硅膠作吸濕劑，用防腐劑抑制病菌活動，目前較為普遍應用的是氯氣，每2-3天施用一次，每次用量約為垛內空氣體積的0.2%，但氯氣有毒，使用不方便，過量時產生藥害。北京等地試用0.5%的過氧乙酸，置盤中放在垛內，效果與氯氣相仿。上海用漂白粉代替氯氣，在1000公斤的帳內每月施用0.5公斤，有效期約10天。
番茄氣調貯藏時期，一般為1.5-2個月，不必太長。這樣即能“以旺補淡”，又能得到較好的品質，損耗也小。貯期小于45天，貯藏中不必開帳檢查，入貯時對果實須經嚴格挑選。
3.亞硫酸、石灰水溶液浸泡貯藏：將6%亞硫酸配成0.3%的水溶液，再用飽和石灰水的澄清液調至PH4.5.5，將全紅番茄浸至該液中，用清潔木板等物壓住果實，防止露出液面，使浸泡液高出果實2-3厘米，然后密封容器，置于低溫處。據大同市蔬菜公司等單位試用此法貯存113天，好果率達95％以上，果實硬度與鮮果相近，但不能生食，須加熱熟食方能除其硫味。