在冬季，當大棚辣椒育苗的時候，通常會遇到寒冷空氣突然的來臨，使氣溫突然的迅速的降低，這樣將會使秧苗非常容易的受到凍害的影響。當低溫過去之后溫度回升的快慢與秧苗受凍害的輕重的程度有著密切的關系。如果溫度上升很快將使秧苗的解凍也非常的快，這樣將會極其容易的使秧苗嚴重缺乏水分以致干枯，秧苗將會死去。關于對辣椒秧苗的防治凍害有以下四個措施加以防范：
首先，改善防治方法，我們可以人工的去控制溫度來育苗，例如電熱溫床和工廠化育苗等。
然后、使秧苗的抗凍害能力不斷的增強，防止秧苗的瞎長。當冷空氣來臨的之前我們需要其揭開覆蓋物，讓秧苗多照一會陽光以及接受一些鍛煉。當在將有雨雪的氣溫很低的時候，盡可能的在天氣變晴天的時間，揭開草苫，使辣椒秧苗可以在陽光下照射。當雨雪不下后天氣突然轉晴的時候，在12點的前后需要在苗床上多鋪幾張草苫，防止辣椒秧苗缺少水分而萎蔫。當床土的濕度很大會很容易的導致秧苗受到凍害，因此當冷空氣來臨之前需要控制苗床澆水，如果床土太濕了可以鋪撒一層干草的木灰。
其次、給苗床增施磷鉀肥，給秧苗使用抗寒劑。再給秧苗使用大約0.5%-1%的紅糖以及葡萄糖溶液，可以使秧苗的抗寒能力增強。當它們在3-4葉時候需要噴施2次0.5%的氯化鈣溶液，也可以增強秧苗的抗寒能力。
四、當氣溫極低的時候應該嚴密的給苗床覆蓋。還需要給秧苗短時間的暢使之換氣，在此期間，需要避免冷風吹到苗床內。在寒冷的夜晚，需要增加鋪蓋草簾。可以把稻草枯葉鋪撒在辣椒的秧苗上面，在寒潮過了之后再把它們干凈。苗床上蓋的草苫應干燥。