根腫病近幾年已成為嚴重危害油菜生產的主要性病害，土壤可帶菌傳染，一旦發生，普通藥劑難以達到理想的防治效果，建議采用綜合措施。
1、實行輪作。與非十字花科作物實行5年以上輪作。避免在低洼積水或稻麥田改油菜田或酸性土壤上種油菜。
2、選用抗病品種。盡量壓縮或減少十字花科作物種植，即使非要種植也要選用抗病品種。
3、選用無病苗床。嚴格選擇排灌方便、至少有8年未種植十字花科作物的園地作苗床，提倡用營養缽育苗。施用甲醛對床土進行。移栽前用石灰水（每桶水加100-150克石灰粉溶解）或50%福美雙可濕性粉劑1000倍液進行浸根或用作定根水。當菜地發現病株時，要及時拔出燒毀，補栽壯苗，再用石灰水或50%多菌靈可濕性粉劑500倍液對全田進行灌根，15天左右一次，連續2次。拔除的病苗必須帶出田間燒毀或用石灰、甲醛后做成腐熟堆肥。
4、加強栽培與管理。采用高畦栽培，開溝排濕，勤中耕、勤除草，減少氮肥施用，增施腐熟有機肥和磷鉀肥，以提高植株抗病性。油菜收割后，應處理病殘體，切勿隨意丟棄病株和漚肥，造成病菌循環傳播。田間避免大量施用化肥，防止土壤酸化，發病田可施用石灰改變酸堿度，使土壤呈微堿性，以減輕發病。一般每畝施石灰100-150千克。
5、藥劑防治。育苗移栽：油菜真葉展開期可用70%百菌清可濕性粉劑600-800倍液噴淋或潑澆整個苗床。移栽前用75%百菌清可濕性粉劑500倍液噴根，每株400-500毫升，也可淋澆后帶藥移栽，移栽時可澆2%的石灰水為定根水，15天后再用75%百菌清可濕性粉劑500倍液灌根一次。移栽后30天內，應勤查早除，拔除病株進行燒毀，并及時補上健苗。直播田播種時可用75%百菌清可濕性粉劑1000倍液澆灌，間隔10-15天一次，連續2-3次。