含酶有機肥在農業生產中的作用主要表現在以下幾個方面：
一、改良土壤、培肥地力有機肥料施入土壤后，有機質能有效地改善土壤理化狀況和生物特性，熟化土壤，增強土壤的保肥供肥能力和緩沖能力，為作物的生長創造良好的土壤條件。
二、增加產量、提高品質有機肥料含有豐富的有機物和各種營養元素，為農作物提供營養。有機肥腐解后，為土壤微生物活動提供能量和養料，促進微生物活動，加速有機質分解，產生的活性物質等能促進作物的生長和提高農產品的品質。
三、提高肥料的利用率有機肥含有養分多但相對含量低，釋放緩慢，而化肥單位養分含量高，成分少，釋放快。兩者合理配合施用，相互補充，有機質分解產生的有機酸還能促進土壤和化肥中礦質養分的溶解。有 機肥與化肥相互促進，有利于作物吸收，提高肥料的利用率。