施肥的總原則
1-2年生全草類藥材，苗期應多施氮肥，促莖葉生長；種子果實類藥材施磷、鉀肥；多年生及根和地下莖類藥材，整地時要施足有機肥，生長期需追三次肥，次在春季萌發后，第二次在花芽分化期，第三次在花后果前，冬季進入休眠前還要重施越冬肥。合理施肥對增進藥用植物生長發育，提高產量和品質，起著重要作用。目前種植藥材施肥有兩個誤區，一是根本不施肥；二是使用大量的化肥。
依據中藥材的品種特點施肥
中藥材因其品種、以及各生長發育的階段不同，所需養分的種類、數量以及對養分的吸收強度也不相同。通常對于多年生的，特別是根莖類藥用植物，如白芍、大黃、黨參、牛膝、牡丹等，以施用腐熟的有機肥為主，配合使用磷鉀肥，以滿足全部生長周期對養分的需要；對于全草類中藥材，可恰當增施氮肥；對于花、果實、種子類的中藥材，則應多施磷、鉀肥。在中藥材不同的生長階段施肥也不同，生長前期，多施氮肥，使用量要少，濃度要低；生長中期，氮肥的用量和濃度應恰當增長；生長后期，多用磷、鉀肥，增進果實早熟、種子豐滿。
依據土壤特性施肥
1、沙土：要重施有機肥，如廄肥、堆肥、綠肥、土雜肥等，并摻加黏土，增厚土層，加強其保水肥能力。追肥應少量多次施用，避免一次使用過多而散失。
2、黏土：應多施有機肥，并結合加施沙子、爐灰渣類，以蓬松泥土，增加土壤的透水通氣性，并將性肥料做種肥和早期追肥，以利提苗發棵。
3、沙壤土：此類土壤兼有沙土、黏土的優點，是多數中藥材栽培理想的土壤，施肥以有機肥和無機肥相結合，依據栽培品種的各生長階段對肥料的需求合理施用。
依據當地氣候條件施肥
在低溫、干燥的季節和地區，施用腐熟的有機肥，以提高地力和保墑能力，而且肥料要早施、深施，以發揮肥效。化學氮肥、磷肥和腐熟的有機肥一起做基肥、種肥和追肥施用，有利于幼苗早發，生長茁壯。而在高溫、多雨季節的地區，肥料分解快，植物分解能力強，追肥不宜施得過早，而且應量少次多，以減少養分損失。