在中藥材拌種時有三種肥料不可用，含有毒害作用的肥料、含有害離子的肥料、含有腐蝕作用的肥料這三類都不能應用到中藥材拌種的肥料中。
一、含有毒害作用的肥料主要是農作物生產中使用多的尿素。尿素在農作物生產過程中，常生成少量的縮二脲，該物質的含量超過2%，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也會透入藥材種子的蛋白質分子結構中，使蛋白質變形，影響種子的發芽。
二、含有害離子的肥料一類是氯化鉀、氯化銨。此類化肥含有氯離子，施入后會產生水溶性的氯化物，對種子發芽和幼苗的生長不利。另一個類是硝酸銨、硝酸鉀。因含有硝酸根離子，對種子發芽影響很大。
三、含有腐蝕作用的肥料如碳酸氫銨和過磷酸鈣。若用此類化肥作中藥材栽培時的種肥，對種子的發芽和幼苗都會產生嚴重危害。若土質差，一定要此類肥料，可將其施在溝下或底層，上面覆蓋一層細土后再撒播藥材種子；也可將過磷酸鈣與土雜肥混合均勻后施用。在種植中藥材時應避免此類化肥與藥材種子的幼苗直接接觸。
中藥材拌種三類肥料不宜用，如果中藥材拌種的作物上肥料施用不合理，則會給作物造成一定的危害。