在杏根癌病病原菌發病之后，通常是在杏樹的根、根頸以及莖部產生癌瘤，其實主要是以根頸長出的大根多，有的分散在整個作物的根系上，受到危害的部位將會產生大小不相等，形狀不一的腫瘤，小的像豆粒，大的像核桃、拳頭，或是若干個瘤簇生形成一個大瘤。起初會生活癌瘤光潔柔滑，大多是呈現為乳白色，也有的表現為微紅色，之后逐漸變成褐色至深褐色，變硬木質化，表面比較粗糙。到了后期癌瘤表現為深黃褐色，容易脫落，在表面的組織容易破裂，腐爛，出現腥臭味，在老熟的癌瘤脫落處，又可以產生新的癌瘤，發生病害的植株因為根部產生癌變，水分、養分吸收輸導將會受到阻擾，土壤上部生長發緩慢，樹勢比較衰弱，葉薄，色黃，細瘦，在病情嚴重致使整個植株萎蔫干枯死亡。
杏樹根癌病是為根癌土壤桿菌，屬于一種細菌性的病害，病原菌將會根瘤以及土壤中過冬，能夠存活一年以上，病原菌侵染開始在種子萌發階段，也可以侵染到受到傷害的根系，經常是在根的皮孔處形成小瘤，比較難以察覺。傳播此病害的主要載體是雨水、灌溉水、地下害蟲、線蟲等，其中進行遠距離的傳播的主要途徑是為苗木，細菌主要是從嫁接口、機械傷、蟲傷以及氣孔侵入到作物根部，在入侵之后將會刺激四周細胞，使分裂加速，產生癌瘤。在病原菌入侵到癌瘤產生，病程差異非常大，少的幾周，多的在一年以上。
防治此病害的措施如下：
1、增強植物檢疫。引種杏樹苗木，應該嚴格產地檢疫，選擇使用無病田起苗，若是發現病苗應該予以淘汰，避免苗木帶有病菌而傳播。
2、對苗木進行消毒處理。在苗木定植之前選擇使用零點三到零點四的硫酸銅溶液進行浸泡苗木根系約1小時，或是選用一的硫酸銅液進行浸根5分鐘，三的次氯酸鈉溶液進行浸根約3分鐘，之后沖洗干凈，或是使用3到5波美度石硫合劑進行整個植株噴藥消毒。
3、進行土壤消毒處理。平均每平方米使用硫磺粉50到100克或是漂白粉100到150克進行土壤處理，或是每坑使用1.5公斤到2公斤的石灰進行殺菌消毒。
4、增強肥水管理。增加施用有機肥，氮磷鉀配合，培育健壯幼苗，合理負載，降低大小年發生，提高樹木自身的抗病能力，延緩樹木發病。
5、化學農藥。若是在田間發現病害植株，需要不失時機使用快刀將病瘤切除，之后使用100倍硫酸銅稀釋液或是使用200倍殺菌王溶液消毒處理，再外涂抹波爾多液進行保護，對切下來的病瘤應該及時的集中燒毀，避免傳染。對發病嚴重時病株應該及時的拔出就地燒毀，對病株四周的土壤使用抗菌劑402稀釋2000倍液，84消毒液500倍，或是使用殺菌王300倍液添加15克恩益碧添加10克天然蕓薹素灌根進行防治，每株灌15公斤到30公斤，連灌2到3次，可以有效的控制發病。