不同的殺菌劑在使用時有著不同的禁忌，所以在農業生產時一定要弄清楚弄明白，才不會錯誤使用而導致不必要的損失。
1、三唑類殺菌劑使用時要注意時間，在使用期使用會有效果，但是如果是施加在了錯誤的時間是會有不好的影響的，瓜菜類作物不要在營養生長期使用，如果在此時間濃度過大時，會使植株生長緩慢，植株變小且葉子變厚，影響生長。
2、在作物的生長期噴施波爾多液、石硫合劑等殺菌劑時要謹慎，防止出現藥害。
3、白菜對銅制劑是非常敏感的，所以在白菜的種植時不要添加銅制劑類的殺菌劑。
4、無機銅制劑在果樹花期、幼果期禁止使用，高溫、高濕天氣慎用。同時不能亂混配使用。
5、當含有百菌清成分且是高含量的殺菌劑使用時，不適合在柿子和梨樹上使用，因為有可能會產生藥害。
6、高含硫磺復配制劑使用在部分水果和蔬菜上時，要謹慎或者不用，黃瓜、大豆、馬鈴薯、桃、梨、葡萄都是如此。
7、砷制劑不適事在柿子的生長期使用，同時在瓜類上施加可能會發生藥害，所以一定要謹慎。