敵百蟲雖然滅蟲效果好，但使用不當的話，危害是很嚴重的，而且敵百蟲對環境也有一定的危害作用。在使用中應避免這些不好的特性產生效果。
抑制膽堿酯酶，造成神經生理功能紊亂。出現毒蕈堿樣和煙堿樣癥狀。急性中毒：短期內接觸大量引起急性中毒。表現有、頭昏、食欲減退、惡心、嘔吐、、腹瀉、流涎、瞳孔縮小、呼吸道分泌物增多、多汗、肌束震顫等。重者出現肺水腫、腦水腫、昏迷、呼吸中樞麻痹。部分病例可有心、肝、腎損害。少數嚴重病例在意識恢復后數周或數月發生周圍神經病。個別嚴重病例可發生遲發性猝死。可引起皮炎。血膽堿酯酶活性下降。慢性中毒：尚有爭論。有神經衰弱綜合征、多汗、肌束震顫等。血膽堿酯酶活性降低。
環境危害：對環境有危害，對水體可造成污染。
燃爆危險：本品可燃，有毒。
危險特性：遇明火、高熱可燃。受熱分解，放出氧化磷和氯化物的毒性氣體。與強氧化劑接觸可發生化學反應。