也許在別人看來，讓金針菇與黑頭病永遠說再見是件很難的事，其實只要是用心的做好以下幾點要求，這是不難的，首先要保持菇場清潔衛生，及時病菇和廢料；菇房、床架、用具等用前要用1：50倍的金星消毒液或2%的漂白粉等消毒，尤其是原發病害較重的菇棚。
拌料時應將疣霉凈按1：1000倍比例兌水拌料，不可用高毒、高殘留的防污劑之類，以確保生產效果； 金針菇栽培時培養料應，蘑菇和平菇栽培時培養料應充分發酵，腐熟均勻，覆土材料用甲醛熏蒸消毒即可。
金針菇出菇期控制出菇室溫度在15°以下，避開高溫、高濕季節出菇，高溫時加強通風散熱，平菇出菇期溫度不要超過18°，如果氣溫突然升高，要采取降溫措施，如開窗、揭膜、遮陰等，但要注意菇房內溫度波動不能過大，防止水汽凝結，產生水膜。
發現病菇要及時擇除，并立即加大通風量，暫停或減少噴水，迅速降低溫度，并用藥控制病害程度，如可向料面噴灑5%的石灰水清液，也可噴灑每毫升100-200單位的鏈霉素液或300單位的土霉素，或500-1000倍的漂白粉液，每2天1次，施藥前后菇床停水1天，間隔3-4天再次用藥，連續用3次以上，能有效控制病害蔓延。發病嚴重時，應先病菇，清理料面或覆土后再按上述方法噴藥。