目前微生物肥料主要有根瘤菌肥料、固氮菌類肥料、解磷微生物肥料、硅酸鹽細(xì)菌類肥料等四大類肥料。
根瘤菌肥料是推廣早，效果顯著的一種高效菌肥，它與豆科植物共生，通過(guò)浸染豆科作物的根系進(jìn)行結(jié)瘤固氮。根瘤菌對(duì)生產(chǎn)條件要求較苛刻，稍疏忽污染雜菌，產(chǎn)品就難合格；它還有嚴(yán)格的互接種族，一種根瘤菌劑只能用于相應(yīng)的豆科植物，用錯(cuò)無(wú)效，另外，結(jié)瘤競(jìng)爭(zhēng)、菌株選育及應(yīng)用條件等問(wèn)題解決得也不夠理想，所以此類肥料在我國(guó)的發(fā)展并不快。
固氮菌類肥料是指能自由生活的固氮微生物或與禾本科植物聯(lián)合共生固氮的微生物為菌種生產(chǎn)的固氮類肥料，與根瘤菌固氮有本質(zhì)的區(qū)別，其固定的氮素是供自身需求，當(dāng)滿足自身需求時(shí)，體內(nèi)氨的濃度能抑制固氮酶系統(tǒng)，使固氮停止。由于此類微生物當(dāng)中的許多菌株在生長(zhǎng)繁殖中產(chǎn)生多種植物激素類物質(zhì)，且其在根際生長(zhǎng)繁殖沒有嚴(yán)格的特異性，尤其易于在甘蔗、玉米、高粱等作物根部生長(zhǎng)繁殖，應(yīng)用范圍廣泛，因此這類肥料在生產(chǎn)上應(yīng)用較廣。
解磷微生物肥料，這類微生物在生長(zhǎng)、繁殖和代謝過(guò)程中產(chǎn)生如乳酸、檸檬酸等有機(jī)酸和植酸酶類物質(zhì)，是固定在土壤中的難溶性磷如磷酸鐵、磷酸鋁以及有機(jī)酸磷酸鹽礦化成作物能吸收利用的可溶磷，供作物吸收利用。磷細(xì)菌在我國(guó)有較好應(yīng)用前景，但由于解磷機(jī)理不十分明確，施入土壤后的活動(dòng)和消長(zhǎng)動(dòng)態(tài)、解磷作用發(fā)揮的條件不十分了解，加上菌劑質(zhì)量不能，因而應(yīng)用受到很大限制。
硅酸鹽細(xì)菌類肥料其硅酸鹽細(xì)菌是一種能在以硅鋁酸鉀或長(zhǎng)石粉為鉀源的培養(yǎng)基生長(zhǎng)的細(xì)菌，這種細(xì)菌有分解釋放礦物鉀的能力。但現(xiàn)在還不能充分肯定硅酸鹽細(xì)菌具有分解含鉀礦物而釋放水溶性鉀的能力，因此，硅酸鹽細(xì)菌肥料的作用還需要進(jìn)一步研究。此外還有菌根類肥料、固氮藍(lán)藻類肥料、抗生菌類肥料、根際促生型細(xì)菌肥料、光合細(xì)菌肥料等，為了提高接種效果，常采用復(fù)混劑型。