紅薯黑斑病又叫做黑疤病。在貯存期、育苗期、大田生長期都可能會感染此病害，是導致貯藏出現爛窖、育苗期出現爛床、栽插后死苗的主要因素之一。黑斑病能夠經過病薯塊、病苗、帶病土壤以及肥料等多個途徑進行傳播。防治此病害應該采取以繁殖無病種薯為基礎，培育無病健壯幼苗為中心，藥劑防治為輔措施的綜合防治。
一、嚴格實行檢疫措施：
禁止調運病害薯、病害苗，發現病薯、病苗應該及時加以處理，不能進行栽植。
二、建立無病留種地：
選用有2年以上沒有種植過紅薯的沒有病田地，自采苗圃剪取沒有病害的蔓頭苗栽植留種。無病留種地不可以使用帶有該種病原菌的土雜肥、廄肥，如果沒有凈糞，可以施餅肥、化肥以及綠肥等。
三、種薯、種苗消毒處理：
種薯可以利用溫湯進行浸種或是選用藥劑，例如多菌靈或是甲基硫菌靈浸種進行消毒處理。種苗可以采用藥劑消毒，藥劑的品種與種薯相同，濃度可以比浸種的稀1倍左右。
四、避免污染肥料和薯田：
不失時機的將田間、苗床的病薯、病苗干凈，避免通過各種途徑污染肥料以及薯田。