菌肥，也稱生物肥，含有大量的有益微生物。它的主要功效是通過其中的微生物在土壤中而起的生物化學作用來提高農作物的營養和生長條件，其實它本身并不具備農作物所需要的營養成分。菌肥里德有益微生物主要有根瘤菌生物固氮、解磷菌活化土壤中難溶性磷、解鉀菌和酵素菌等。菌肥，他的真正的肥效通常情況下還和其中維持微生物生命活動的基質有著密切的關系。
由于作為農資產品的生物肥料，一定要達到在活菌數、雜菌率、有效期等有關方面的的基本要求。在認識農用微生物菌劑之外，我們還需要知道以有機物為基礎的復合微生物肥料以及生物有機肥。在指定的農用微生物與營養物質混合配置而成就會變為復合微生物肥料，它不僅可以為植物提供和改善營養，而且將會提升農作物的產量或產品的質量。按照NG/T798—2004的技術標準，那么液體、粉劑、顆粒等不同劑型的產品的總養分（N+P2O5+K2O）含量分別不可以低于4%、6%和6%，可是化肥含量高也不是很好，如果太高就會影響微生物的活性。而生物有機肥則是特定的農用微生物和動植物的廢棄物通過特殊處理而得到的，它具有微生物肥料以及有機肥料的優點。
另外，如果大量給農田施用氮磷鉀時導致土壤中的氮磷鉀養分含量過高，那么將會降低根瘤菌、解磷菌、解鉀菌肥的效果，甚至一點效果都沒有，比如施用過量的氮肥就會降低影響根瘤菌的活動，導致根瘤的固氮作用消失。除此之外還需要注意的是，由于菌肥中的那些有益微生物是有含有生命的，所以我們在儲藏的時候不準和農藥、化肥以及過酸、過堿等物質放在一起，切忌千萬不能和過多的化肥以及酸堿性的化肥一起施用，因為如果土壤酸堿性過大或干旱的天氣都將會嚴重阻礙菌肥的有效發揮。