生物菌和生物菌肥適宜應用在經溴甲烷熏蒸過的菜地上，蔬菜根部病害嚴重時經溴甲烷熏蒸可以消毒，殺滅土壤中的病原菌。能使蔬菜根部的土傳病害問題短期內能得以“解決”，但也存在問題，那就是還會復發，究其原因是溴甲烷熏蒸過的土壤中的病原菌和其它雜菌，包括有益菌都會被殺滅，會形成無菌狀態，但無菌狀態不會永遠保持下去。菜農的操作管理，如整地、澆水、施肥，以及定植苗木等活動，都會把病原菌和其它微生物重新引入土壤中。所以，很多菜農都有熏過溴甲烷后又重新有爛根死棵出現的經歷。解決這個問題的辦法是，溴甲烷殘氣散盡后，使用生物菌肥或生物菌，先以這些有益菌去占領無菌狀態的土壤。首先占領是很重要的，因為無菌狀態的“空白”不會長時間存在，雜菌會逐步回到熏蒸過的土壤中。包括根腐病菌都會卷土重來。但先在無菌的土壤中施入有益的生物菌和生物菌肥后，有益菌會很快繁殖成為蔬菜根際附近的有益優勢菌群落，就能拮抗病原菌的重新侵入和繁殖，從而維持了蔬菜根系不被病原菌侵染。這種作用鞏固了溴甲烷熏蒸土壤的效果，從道理上講可以使這種效果無限期延長。起碼可以延長多年。這就是為什么同是熏用溴甲烷，防爛根和死棵時有效時間不同的原因。有人說是一年，有人說是兩年，有人說是多年有效。無疑在用溴甲烷熏棚后，接著應用生物菌和生物菌肥鞏固效果，才能使防治根腐病達到水平。
溴甲烷熏蒸土壤后應用生物菌或生物菌肥的方式很多，可以用生物菌液蘸蔬菜根用或把苗盤濕透用，也可以先把生物菌肥施入土壤再定植苗木，還可灌根使用。
根部病害輕或無根部病害的菜地，也可不用熏溴甲烷，而直接用生物菌或生物菌肥防治這些病害。
使用純的生物菌要預先加入營養豐富的草炭、麩皮、糖等，先養菌擴大數量后再用。如果用作拌種可直接應用。
應用生物菌肥不宜太看重解磷解鉀作用。一則這種“解”遠不能滿足蔬菜生產的數量需要。二是在我國北方大部分地區土壤較瘠薄，依靠解是無源之水。應看作“解”有益，但不能為此而依賴這種“解”只用生物菌來解決肥的短缺。
應用生物菌或生物菌肥要始終使用一種，不宜多種同時用，也不應經常更換不同種類。恰恰相反，在使用過程中應注意補充新的菌液或菌肥，如基肥中用過后，可多次追同一種生物菌肥，以壯大菌群，提高防效。
施加過生物菌或生物菌肥應注意通常無須再施殺菌劑。畢竟生物菌也是菌，應用后生物菌可能被殺。但如果有益菌是細菌則應用百菌清、多菌靈等影響很小，如果有益菌是××桿菌，則菌種屬細菌，細菌對銅制制劑敏感。殺菌劑中的銅制劑影響很大，就不要應用。而有些有益菌如毛殼菌則能抗殺菌劑，不必忌用，顯然這是種例外了。